Задовго до появи будь-якого прапора на теперішній ангольській землі існували потужні держави. Найбільшою з них було Королівство Конго — з XIV по XIX століття воно простягалось від північної Анголи до сучасних республік Конго. Португальський мореплавець Діогу Кан висадився на узбережжі у 1484 році, і вже невдовзі між Португалією та Конго встановились торговельні зв'язки. У 1575 році Португалія заснувала Луанду — місто, яке досі лишається столицею Анголи. Протягом XVI–XIX століть Ангола стала одним із головних вузлів трансатлантичної работоргівлі: за різними оцінками, через її порти було вивезено до 4 мільйонів людей.
Під час португальського колоніального правління (1575–1975) ніякого ангольського прапора, звісно, не існувало — над територією майорів прапор Португалії, а адміністративні структури використовували колоніальні герби.
У 1956 році в Луанді було засновано МПЛА — Народний рух за визволення Анголи. Організація швидко стала головною силою антиколоніального опору, спираючись насамперед на народ мбунду та міську інтелігенцію. У 1961 році МПЛА розпочала збройну боротьбу — і саме тоді з'явився перший прапор руху: червоно-чорне полотнище із жовтою зіркою в центрі. Паралельно діяли ще два рухи: ФНЛА (Національний фронт визволення Анголи) на чолі з Голденом Роберто та УНІТА під проводом Жонаса Савімбі, заснована у 1966 році.
Деякі вексилологи звертають увагу на схожість прапора МПЛА з прапором В'єтконгу — червоно-блакитним із жовтою зіркою. Чи справді МПЛА свідомо наслідував цей зразок, чи то збіг символіки лівих рухів тієї епохи — точної відповіді немає, і обидві версії варто згадати.
25 квітня 1974 року в Лісабоні молоді португальські офіцери повалили диктатуру. Так звана Революція гвоздик поклала край державі Ново, яка відмовлялась відпускати колонії. Уже у січні 1975 року три ангольські рухи підписали Алворську угоду: вона встановлювала перехідний уряд і дату незалежності — 11 листопада 1975 року.

Але перемир'я тривало недовго. У липні 1975-го МПЛА виштовхнув ФНЛА з Луанди; УНІТА добровільно відійшла на південь. На лінії фронту зійшлись не просто ангольці: США та Зімбабве підтримували ФНЛА і УНІТУ, СРСР і Куба — МПЛА. На півдні діяли південноафриканські підрозділи. 10 листопада 1975 року португальці залишили Луанду, не передавши владу жодній зі сторін. О північ 11 листопада лідер МПЛА Агоштінью Нету проголосив незалежність Народної Республіки Анголи — і в ту ж ніч Жоакіна, Рут Лара та Сісі Кабрал пошили перший офіційний прапор нової держави.
Незалежність не принесла миру. Громадянська війна між МПЛА та УНІТА тривала 27 років — до загибелі Жонаса Савімбі 22 лютого 2002 року. Прапор увесь цей час лишався незмінним, хоча в 1992 році конституцію переписали: слово «революція» замінили на «захист країни», а «інтернаціоналізм» — на «міжнародна солідарність». Після закінчення війни у 2003 році парламент розглянув пропозицію змінити прапор — на знак примирення та дистанціювання від марксистської символіки. На конкурсі переміг дизайн під псевдонімом «Катіка»: три горизонтальні смуги синього, білого та червоного із золотим сонцем, взятим зі стародавніх петрогліфів Тчітунду-Хулу в провінції Намібе. Проте пропозицію відхилили: занадто велика частина суспільства вважала, що змінити прапор означає стерти пам'ять про боротьбу за незалежність.