Доколоніальний період і королівство Дагомея. До приходу європейців на території сучасного Беніну існувало могутнє королівство Дагомея (XVII–XIX століття) зі столицею в Абомеї. Класичних прапорів європейського зразка воно не використовувало, але мало розвинену традицію аплікаційних полотен (appliqué) із тканин — символічних зображень королів і подій, які виконували роль геральдичних знаків. Найвідоміший символ дагомейських королів — лев, акула й буйвол — походить саме звідти.
Французька колонізація (1894–1958). 1894 року Дагомея була остаточно завойована Францією й увійшла до складу Французької Західної Африки. Над територією майорів державний прапор Французької Республіки — синьо-біло-червоний триколор; власного офіційного прапора колонія Дагомея не мала.
Автономія та поява національного прапора (1958–1959). 4 грудня 1958 року Дагомея отримала статус автономної республіки у складі Французької Співдружності. Уже 16 листопада 1959 року Установчі збори затвердили нинішній дизайн прапора. Авторство композиції зазвичай приписують групі національних діячів того часу; вибір кольорів свідомо відсилав до Ефіопії як символу африканської свободи та до Гани, що отримала незалежність 1957 року.
Незалежність 1960 року. 1 серпня 1960 року Дагомея проголосила незалежність від Франції, і прийнятий роком раніше прапор автоматично став державним. У перші роки незалежності країна пережила низку військових переворотів, але прапор залишався незмінним.
Народна Республіка Бенін (1975–1990). 30 листопада 1975 року режим Матьє Кереку, що прийшов до влади внаслідок перевороту 1972 року, проголосив країну Народною Республікою Бенін і взяв курс на марксизм-ленінізм. Стара назва "Дагомея" була замінена на "Бенін" (за давньою затокою, а не за нігерійським містом), а прапор кардинально змінили: він став повністю зеленим із червоною п'ятикутною зіркою у верхньому лівому куті — символом революції та "соціалістичного майбутнього" країни. Цей прапор використовувався майже 15 років.
Відновлення прапора 1990 року. Наприкінці 1980-х режим зіткнувся з економічною кризою та масовими протестами. У лютому 1990 року в Котону відбулася Національна конференція живих сил нації, яка фактично демонтувала однопартійну систему. 1 серпня 1990 року, у 30-ту річницю незалежності, країна офіційно повернула собі прапор 1959 року — без жодних модифікацій. Це символізувало розрив із марксистським періодом і повернення до початкових ідеалів незалежності.
Сучасний статус. З 1990 року прапор не змінювався. Його дизайн закріплений у Конституції Беніну 1990 року й у відповідних законах про державні символи. Поряд із прапором офіційно використовуються герб Беніну та гімн "L'Aube nouvelle" ("Новий світанок").
