Згідно з історичними книгами, найстаріший прапор, коли-небудь створений для Королівства Бахрейн, був лише червоного кольору. У дев'ятнадцятому столітті, за домовленістю з Великою Британією, до кольору прапора було додано білий колір, але без розміщення трикутників.

У 1932 році уряд додав білу зубчасту смугу, щоб розрізнити прапор від прапорів Дубаю, Аджмана та старого прапора Абу-Дабі. У цей період кількість трикутників становила 28, зменшившись у 1972 році до восьми, посилаючись на кількість воєн, що відбулися між Королівством Бахрейн та його сусідніми країнами. 17 лютого 2002 року прапор Королівства Бахрейн був змінений до вигляду, який він має сьогодні - лише п'яти трикутників між двома кольорами, що символізує кількість стовпів ісламської релігії.