До 20-го століття, Монголія використовувала прапор з релігійними символами. Однак, коли держава стала незалежною від Китаю, вона запровадила прапори з традиційними символами, що свідчило про появу чіткої ідентичності.
За часів Монгольської Народної Республіки, починаючи з 1924 року, прапор зазнав значних змін, щоб представляти новий соціалістичний уряд. У цей період з'явився символ Сойомбо, що поєднував національну ідентичність із соціалістичними ідеалами. Тому прапор мав вигляд червоного полотна із золотим символом Сойомбо в центрі.
Потім, з 1930 по 1940 роки були три рівні горизонтальні смуги червоного, синього та червоного кольорів з кругом у центрі та символом золотого Сойомбо всередині цього круга.

Прапор 1940-1945 років являв собою червоне поле з гербом країни в центрі. Починаючи з 1945 року, з'явився знайомий нам дизайн прапора: три вертикальні смуги червоного, синього і червоного кольорів та символ Сойомбо, над яким до 1992 року ще була комуністична зірка.

Остаточного вигляду прапор набув 8 липня 2011 року, коли кольори прапора були офіційно стандартизовані.