Найдавніші згадки про використання прапорів предками таджиків збереглися в Авесті. Наприклад, у першій главі “Відевдата” Бактрія характеризується як "прекрасна, з високо піднятими прапорами". Деякі дослідники припускають, що прапори, згадані в Авесті, схожі на відомі "кавіанські прапори" пізніших часів або на давньоримські "вексилуми" - квадратні прапори, що звисали з горизонтальної перекладини, прикріпленої до списа, як сучасні церковні хоругви.
Таджицька Автономна Радянська Соціалістична Республіка була створена 14 жовтня 1924 року. Згідно з постановою Президії Центрального виконавчого комітету Таджицької АРСР від 23 лютого 1929 року, державним прапором було червоне полотно з державним гербом у лівому верхньому куті, який складався із золотих доси (таджицький серп) і молота, розміщених хрест-навхрест руків'ями донизу і розміщених на п'ятикутній зірці, на якій у синьому небі сходить сонце з-поза покритих снігом гір. Зірка оточена вінцем із колосків пшениці праворуч і гілкою бавовни ліворуч на помаранчевому тлі. Вінець перевитий внизу стрічкою червоного кольору.
Під зіркою напис російською мовою: "Пролетарии всех стран, соединяйтесь!". Над зіркою таке ж гасло перською мовою: "پرالتارهای همۀ جهان یک شوید". Усі написи розташовані півколом на золотій стрічці у формі півмісяця.

В період з 1931 по 1946 роки прапор мав схожий дизайн і мало чим відрізнявся. З об'єднанням Республіки Таджикистан і прийняттям нової Конституції 25 лютого 1931 року її прапор мав вигляд червоного полотна з написом "ÇSS Toçikiston". Пізніше до напису додали серп і молот, а ще згодом змінили напис на таджицький “РСС Точикистон” та російський “Таджикская ССР”.
З 1953 по 1991 рік прапор набув нового вигляду. Тепер він був розділений на дві частини: верхня частина була червоного кольору з серпом, молотом і зіркою над ним, а нижня частина мала дві смуги білого і зеленого кольорів, причому біла смуга була вдвічі ширшою за зелену. Білий колір символізує вирощування бавовни, а зелений - інших сільськогосподарських продуктів.
У 1991 році з прапора прибрали всі символи, залишивши лише склад кольорів, змінивши тон червоного кольору на світлий. І нарешті, 24 листопада 1992 року прапор набув сучасного вигляду: червоно-біло-зелений триколор із золотою короною та сімома зірками посередині.