Прапор Російської імперії був офіційним прапором Туркменістану до 1914 року і потім ще 3 роки до 1917 року, тільки з дещо іншим дизайном - у верхньому лівому куті на жовтому тлі з'явився герб. Потім, аж до розпаду Радянського Союзу в 1991 році, Туркменістан використовував різні варіації прапорів, схожих на радянські - червону основу з півмісяцем, зіркою або серпом і молотом.

З 1937 року прапор мав суцільне червоне тло із золотим написом у верхньому лівому куті - TSSR. З 1940-х років прапор не змінився, але абревіатура була написана кирилицею. У 1953 році прапор був перероблений, на ньому знову з'явилися серп і молот і п'ятикутна зірка над ними, а також дві сині лінії посередині, вздовж прапора. Між здобуттям незалежності в 1991 році і прийняттям нового прапора в лютому 1992 року цей прапор залишався державним прапором незалежного Туркменістану.
Після здобуття незалежності в 1991 році, 19 лютого 1992 року, Туркменістан прийняв прапор, який був дуже схожий на нинішній дизайн. У 1997 році були додані дві перехрещені оливкові гілки, що символізують миролюбний характер туркменського народу і його статус постійного нейтралітету. У 2001 році співвідношення сторін прапора змінилося з 1:2 на 2:3.