Після завоювання територій близько 1510 року узбеки контролювали райони на південний схід від Аральського моря. Тривалий час (з 1511 по 1740 рік) вони використовували прапор з білим тлом і синім півмісяцем у верхньому лівому куті.
У 1785 році був створений Бухарський емірат, який став другою державою в степах на північ і схід від сучасного Узбекистану. Територія емірату включала кілька областей сучасного Узбекистану, Таджикистану і Туркменістану. Він мав власний прапор із зеленим тлом, оточеним золотисто-чорною облямівкою. На зеленому тлі були зображені рука, півмісяць, зірка та написи. У 1917 році прапор Бухарського емірату було замінено на чорний прапор із зеленим контуром та золотим півмісяцем і зіркою. У 1917 році була утворена Туркестанська автономія, яка мала свій прапор - червоно-синій з білим півмісяцем і п'ятикутною зіркою.

У вересні 1920 року Бухара була захоплена і стала Бухарською Народною Радянською Республікою з власним прапором, що складався із зеленої та червоної смуг, золотого півмісяця і зірки, а також схрещених серпа і молота всередині зірки.
Туркестанська Автономна Радянська Соціалістична Республіка стала першою радянською автономною республікою. Прапор цієї республіки складався з червоного поля з жовтим текстом у верхньому лівому куті. У 1921 році прапор змінили, додавши білу облямівку навколо тексту.

У 1922 році Узбекистан став республікою Союзу Радянських Соціалістичних Республік, а в 1925 році об'єднані території стали Каракалпацькою Автономною Радянською Соціалістичною Республікою і прийняли новий прапор. Між 1952 і 1991 роками прапор Узбецької РСР був змінений і став червоним з синьою смугою посередині, обрамленою двома тонкими білими смугами, і серпом, молотом та п'ятикутною зіркою у верхньому лівому куті.

Після розпаду Радянського Союзу в 1991 році Узбекистан і Каракалпакстан стали незалежними країнами з новими прапорами. Прапор Каракалпакстану складався з горизонтального триколора - синього, золотого і зеленого - з двома червоними смугами посередині і білим півмісяцем з п'ятьма білими зірками у верхньому лівому куті. Узбекистан прийняв новий прапор у 1991 році, що складається з синього, білого і зеленого кольорів з червоними смугами по обидва боки від білого і півмісяцем з 12 зірками у верхньому лівому куті. Обидва прапори використовуються і сьогодні.