У 1821 році, на початку Грецької революції, кожен військовий корпус мав свій власний прапор, оскільки не було єдиного командування. Революційні прапори представляли або трьох кольорову символіку Товариства друзів (білий, чорний і червоний) з зображеннями таких символів, як фенікс, що відроджується з попелу, або якір, прапори з хрестом або орлом та інше. Багато сіл також використовували прапори своїх парафіяльних церков.
У 1822 році відбулися Перші національні збори в Епідаврі, на яких була прийнята "Тимчасова конституція Греції" - перша грецька конституція. У цій конституції було вирішено, що грецький прапор матиме синьо-білі кольори і форму буде встановлювати виконавча влада, тобто уряд. Таким чином, було встановлено основні принципи оформлення грецького прапора, які дотримуються й до сьогодні. 15 березня 1822 року було видано рішення 540 виконавчої влади, підписане президентом Корпусу Олександром Маврокордатосом.

У 1832 році до прапорів армії та флоту було додано королівську емблему, але зі скасуванням правління Оттона вона була знята. Пізніше, за правління Георга I, королівська корона була додана до армійського та військово-морського прапорів, а піхотний прапор отримав зображення Святого Георгія. У 1914 році було видано царський указ, який визначив форму прапорів без зміни основних характеристик. Проте, у 1924 році корони були зняті з прапорів, виконуючи резолюцію Четвертих установчих національних зборів в Афінах "Про проголошення демократії", але вони були повернуті у 1935 році. Згодом хунта полковників видалила корону з прапорів, а нова резолюція у 1969 році скасувала піхотний прапор, залишивши військово-морський як офіційний прапор. У 1970 році співвідношення прапорів було змінено з 2:3 на 7:12.
Після відновлення Республіки наприкінці липня 1974 року були видані закон та указ Президента, які детально описали символи прапора. Тим не менш, наступний закон у 1978 році встановив, що Державний прапор має бути синьо-білим і складатися з дев’яти горизонтальних смуг, перша і остання з яких має бути синьою. А білий хрест, розміщений у верхньому лівому куті, на фоні блакитного квадрата. Співвідношення ширини прапора до довжини становить 2:3.