Після здобуття незалежності від Іспанії у 1821 році, Нікарагуа стала частиною Мексиканської імперії та пізніше приєдналася до Об'єднаних провінцій Центральної Америки. Проте формальна незалежність Нікарагуа відбулася тільки у 1838 році. У 1852 році країна прийняла свій перший офіційний прапор, який складався з трьох горизонтальних смуг - білої, жовтої та червоної.

Протягом багатьох років Нікарагуа зазнавала змін в дизайні свого прапора. Було кілька різних варіацій, включаючи триколірну смугу жовту-білу-бежеву та схожий дизайн із гербом в центрі. Однак, у 1908 році був прийнятий федеральний прапор як національний. Прапор того часу був схожий на прапор Федеративної Республіки Центральної Америки та спільним знаком для країн-учасниць.
Перше використання сучасного дизайну прапора Нікарагуа датується 1908 роком, але офіційно він був визнаний національним прапором лише в 1971 році. Прапор складається з горизонтальних смуг синього кольору зверху і знизу, що символізують Карибське море і Тихий океан. Біла смуга посередині означає мир. На білій смузі розташований герб, який містить трикутник зі словами "Республіка Нікарагуа" і "Центральна Америка", а також зображення п'яти вулканів, що символізують п'ять націй, які об'єдналися в минулому.