Доколоніальний період. Задовго до приходу європейців на території сучасної Буркіна-Фасо існували могутні королівства народу мосі — насамперед Уагадугу, Ятенга, Тенкодого та Фада-Н'Гурма, — що сформувалися приблизно у XI–XV століттях. Ці держави не використовували прапорів у європейському розумінні; королівська влада виражалася через інститут Мого-Нааба (імператора мосі), через придворні регалії, барабани та церемоніальні списи. Поряд з мосі мешкали народи ґурунсі, бобо, лобі, сенуфо, фульбе та туареги, кожен зі своїми політичними символами.
Французька колонізація (1896–1958). Французькі війська захопили столицю мосі — Уагадугу — у 1896 році, і територію поступово включили до складу Французької Західної Африки. У 1919 році було створено колонію Верхня Вольта (Haute-Volta), названу за трьома річками — Чорною, Білою та Червоною Вольтою, які перетинають країну. У 1932 році колонію розформували й поділили між Кот-д'Івуаром, Французьким Суданом (нині Малі) та Нігером, а у 1947 році відновили завдяки наполегливому лобіюванню вождів мосі на чолі з Мого-Наабою. Упродовж усього цього часу територію репрезентував винятково французький триколор.
Республіка Верхня Вольта та перший прапор (1958–1984). 11 грудня 1958 року Верхня Вольта стала автономною республікою у складі Французької Співдружності, а 5 серпня 1960 року здобула повну незалежність на чолі з президентом Морісом Ямеого. Перший національний прапор, прийнятий у 1959 році, був горизонтальним триколором із чорного, білого та червоного кольорів — на пряму відсилку до трьох річок Вольти (Чорної, Білої та Червоної). Цей прапор маяв над Верхньою Вольтою впродовж майже 25 неспокійних років, позначених кількома державними переворотами: Ямеого скинув Санґуле Ламізана у 1966 році, того, своєю чергою, відсторонив Сає Зербо у 1980-му, а на зміну йому у 1982-му прийшов Жан-Батист Уедраого.
Революція Санкари і новий прапор (1983–1984). 4 серпня 1983 року група молодих лівих офіцерів на чолі з капітаном Тома Санкарою захопила владу й проголосила Національну раду революції (CNR). Санкара, якому тоді було 33 роки, започаткував одну з найрадикальніших програм перетворень в історії Африки — масові кампанії вакцинації, великомасштабні висадження дерев проти опустелювання, реформи у сфері прав жінок та глибокий культурний ребрендинг держави. 4 серпня 1984 року, у першу річницю революції, країну офіційно перейменували з Верхньої Вольти на Буркіна-Фасо — гібридну назву, що поєднує слова з мови мооре (burkina — «гідний, чесний») та діула (faso — «батьківщина») і означає «країна гідних людей». Того самого дня старий чорно-біло-червоний прапор замінили на нинішній червоно-зелений із жовтою зіркою, а також прийняли новий державний гімн «Ditanyè» (також відомий як «Une seule nuit»).
Після Санкари (1987–нині). Тома Санкару було вбито 15 жовтня 1987 року під час перевороту, очолюваного його соратником Блезом Компаоре, який правив країною наступні 27 років, аж до того, як народне повстання у жовтні 2014 року змусило його залишити владу. Попри драматичний політичний розворот — Компаоре згорнув більшість реформ Санкари — прапор, назва країни та гімн були збережені, що засвідчує, наскільки глибоко символи 1984 року вкоренилися у національній ідентичності. Починаючи з 2022 року Буркіна-Фасо пережила ще два військові перевороти, які привели до влади капітана Ібрагіма Траоре; він відкрито апелює до спадщини Санкари, і прапор зразка 1984 року залишається центральним візуальним символом країни.
