Історія сенегальського прапора — це історія коротких політичних епох: від докололоніальних держав через французьке панування і нетривалу федерацію до самостійної республіки. Кожен етап залишив свій знак у тому, як виглядає сучасний прапор.
Доколоніальний період. До приходу європейців на території сучасного Сенегалу існували великі державні утворення — імперія Джолоф (XIV–XVI ст.), королівства Кайор, Баол, Сін, Салум, Вало, а на південному сході — частини імперій Малі та Сонгай. Власних "прапорів" у європейському сенсі ці держави не мали, але користувалися штандартами, прикрашеними тканинами та тотемними емблемами правителів-дамелів. Зелено-жовто-червона гама, яка пізніше лягла в основу прапора, тут безпосередньо не використовувалася: вона прийшла в африканську вексилологію через Ефіопію та пан-африканський рух XX століття.
Французька колоніальна доба (1659–1958). Сен-Луї, заснований французами 1659 року, вважається першим постійним європейським поселенням у Західній Африці; з нього розпочалася поступова колонізація. Над територією майоріли різні варіанти французького прапора — від королівських лілейних штандартів до триколора Французької революції. У XIX столітті, після завоювань генералів Луї Федерба та інших, Сенегал став ключовою колонією Французької Західної Африки (Afrique Occidentale Française, AOF) із центром у Дакарі з 1902 року. Окремого офіційного прапора AOF не було — використовували французький триколор; лише деякі допоміжні підрозділи на кшталт Tirailleurs sénégalais мали власні полкові штандарти.
Автономія і Малійська федерація (1958–1960). 25 листопада 1958 року Сенегал отримав статус автономної республіки в межах Французької Спільноти. 4 квітня 1959 року Сенегал і Французький Судан (сучасне Малі) утворили Малійську федерацію зі спільним прапором: вертикальний зелено-жовто-червоний триколор із чорним стилізованим зображенням людини — "канаґа" (kanaga) — у центрі жовтої смуги. Цей маска-символ був запозичений з культури догонів і мав уособлювати чорну Африку. 20 червня 1960 року федерація проголосила незалежність від Франції, але вже за два місяці, 20 серпня 1960 року, Сенегал вийшов із союзу через політичні розбіжності між Сенгором і Модібо Кейтою.

Прапор незалежної Республіки Сенегал (з 1960). Того самого 20 серпня 1960 року Сенегал ухвалив власний прапор. Дизайн зберіг вертикальну композицію та пан-африканську триаду кольорів федерації, але замість чорної маски-канаги в центр жовтої смуги помістили зелену п'ятикутну зірку. Це рішення приписують особисто Леопольдові Седарові Сенгору, поетові й першому президентові країни (1960–1980): зірка мала підкреслити одночасно африканську ідентичність, ісламсько-християнсько-анімістичну гармонію та універсалістський погляд на світ. Із того часу прапор не змінювався — рідкісний випадок стабільності для Західної Африки. Його статус закріплено у статті 1 Конституції 2001 року: "Емблемою Республіки є зелено-жовто-червоний прапор з трьох вертикальних смуг рівних розмірів із зеленою п'ятикутною зіркою посередині".
Прапор у державному житті сьогодні. Сенегальський триколор піднімають над президентським палацом у Дакарі, він присутній на мундирах національної армії, з ним сенегальські спортсмени виступають на Олімпійських іграх та Кубку африканських націй (зокрема, під ним збірна з футболу здобула свій перший трофей CAF — Кубок африканських націй 2021 року в Камеруні). Конституційне визначення прапора суворе: будь-яка зміна вимагала б перегляду Основного Закону, що в Сенегалі — країні з однією з найстабільніших демократій регіону — відбувається нечасто.