Доколоніальна доба. До приходу європейців територію сучасної Ботсвани переважно населяли тсванамовні народи, об'єднані в кілька вождівств — баквато, баквена, бангвакетсе та інші. Ці утворення не використовували прапорів у європейському розумінні; політична влада виражалася через інституцію косі (вождя), через статки в худобі та через кхотла — традиційні народні збори.
Протекторат Бечуаналенд (1885–1966). У 1885 році, побоюючись експансії з боку бурських поселенців з Трансваалю та Британської південноафриканської компанії Сесіла Родса, кілька тсванських вождів — найвідомішим з яких був Кхама III з народу баквато — звернулися до Британської корони з проханням про захист. Територію було проголошено протекторатом Бечуаналенд, який керувався окремо від Капської колонії і — що принципово важливо — ніколи не був включений до складу Південної Африки. Упродовж усього цього періоду територія не мала власного прапора й була представлена британським «Юніон Джеком». Відмітною особливістю Бечуаналенду було те, що до 1965 року адміністративний центр протекторату розташовувався поза його межами — у місті Мафекінг (нині Махікенг) у Південній Африці.
Шлях до незалежності (1965–1966). У 1965 році було надано внутрішнє самоврядування, столицю перенесено до новозбудованого міста Габороне, а Серетсе Кхама — спадкоємець вождівства баквато та засновник Демократичної партії Бечуаналенду — став прем'єр-міністром. У міру наближення незалежності уряд свідомо відхилив кілька варіантів прапора, побудованих на панафриканських кольорах. Обраний дизайн мав підкреслити, що нова держава визначатиметься не за етнічними чи расовими ознаками, а через спільне громадянство та центральну роль води в національному житті.
Незалежність і ухвалення прапора (1966). 30 вересня 1966 року протекторат Бечуаналенд став незалежною Республікою Ботсвана на чолі з Серетсе Кхамою як першим президентом. Опівночі цього дня в Габороне було спущено «Юніон Джек», а на його місці вперше піднято новий блакитно-чорно-білий прапор. Відтоді дизайн прапора залишається абсолютно незмінним — рідкісний випадок для постколоніальної Африки, де більшість держав хоча б раз переглядали свої прапори.
Сучасний статус. Прапор Ботсвани — один із найстабільніших національних символів континенту. Його використання регулюється національним законодавством про державні символи; разом з ним офіційними символами країни є герб (із двома зебрами та гаслом «Pula») та національний гімн «Fatshe leno la rona» («Наша земля»). Прапор широко представлений на спортивних заходах — зокрема, під час виступів національної футбольної збірної, відомої під прізвиськом «Зебри», яке безпосередньо відсилає до тієї ж чорно-білої символіки.
