За часів ранніх династій, що охоплюють 788-1549 роки, Марокко формувалося під впливом берберських племен і мусульманських правителів. Ідрісиди, які правили з 788 по 974 рік, використовували прості білі прапори, що символізували чистоту віри, мир і духовність. Ці знамена, ймовірно, містили написи з Корану, такі як «Немає бога, крім Аллаха», що підкреслювало релігійну легітимність династії, яка вважалася нащадком пророка Мухаммеда через Ідріса I. Альморавіди, які прийшли до влади в 1040 році, розвинули цю традицію, використовуючи білі прапори з написами на кшталт «Немає бога, крім Аллаха, і Мухаммед - його пророк» для військових підрозділів, що складалися з 100 вояків. Білий колір уособлював духовну строгість, тоді як окремі чорні прапори могли символізувати боротьбу з «невір'ям», відображаючи зв'язок з Аббасидським халіфатом у Багдаді. Альмохади, які правили з 1121 по 1269 рік, використовували білі прапори з цитатами з Корану, такими як «Твій Бог - єдиний Бог» (Коран 2:163), підкреслюючи монотеїзм і релігійну реформу. Деякі джерела згадують про червоно-чорно-білі шахові прапори окремих племен або військових підрозділів, але білий залишався домінуючим кольором держави. Марініди (1244-1465) і Ваттасиди (1472-1549) зберігали білі прапори з написами, що символізували чистоту і владу, які майоріли над Фесом, столицею Марінідів, і використовувалися в боях проти християнських сил в Андалусії.
Династія Саадінів, яка прийшла до влади в 1549 році, продовжувала використовувати білі прапори, щоб підкреслити релігійну відданість і династичну владу. Написи на кшталт «Аллах бажає очистити вас, о люди дому» (Коран 33:33) відображали зв'язок з пророком Мухаммедом через шаріфів, нащадків його роду. Білий колір символізував мир, духовну силу і чистоту, що було важливо в боротьбі з португальськими аванпостами на узбережжі, зокрема в битві при Аль-Каср аль-Кебір 1578 року, де Марокко здобуло перемогу. Прапори залишалися простими, без складних емблем, і використовувалися як у військових кампаніях, так і в церемоніальних цілях, підтверджуючи єдність Марокко під владою Саадісів. Ці стяги майоріли над новою столицею Марракешем та на дипломатичних місіях в Османській імперії.
З приходом до влади династії Алавітів у 1666 році червоний прапор став національним символом. Цей колір уособлював мужність, жертовність і зв'язок з пророком Мухаммедом через нащадків його дочки Фатіми і зятя Алі, четвертого халіфа. Червоний колір також асоціювався з шаріфами Мекки та імамами Ємену, що надавало династії релігійної легітимності в очах мусульман. Прапор являв собою просте червоне полотнище без символіки, яке щодня піднімали на фортецях Рабату, Сале, Танжера та інших міст, символізуючи владу султана. У вісімнадцятому та дев'ятнадцятому століттях червоний колір відображав панарабську єдність та опір європейському тиску, зокрема з боку Португалії, Іспанії та Франції. Цей прапор використовувався в дипломатичних відносинах, наприклад, під час переговорів з Великою Британією, а також у військово-морських операціях, де марокканські кораблі протистояли піратству.

У 1912 році Марокко потрапило під французький та іспанський протекторати, що змінило використання національної символіки, хоча червоний прапор зберігався як символ султанату на суші. У 1915 році султан Юсуф указом від 17 листопада додав до червоного полотна зелену п’ятикутну зірку, відому як печатка Соломона, що символізувала мудрість і захист. Під час протекторату (1912–1956) на морі діяли колоніальні обмеження, що призвело до появи окремих прапорів. У французькій зоні використовувався червоний прапор султанату з додаванням синьо-біло-червоного триколору в кантоні (верхній лівий кут), що символізував владу Франції та її контроль над зовнішньою політикою й обороною. Іспанська зона застосовувала червоний прапор із зеленим полем, на якому розміщувалася біла п’ятикутна зірка, що відображала іспанський вплив, але зберігала ісламську символіку для місцевого населення. У 1921–1926 роках у північному Марокко діяла Республіка Риф, очолювана Абд аль-Керімом, яка використовувала червоний прапор із білим ромбом у центрі, зеленим півмісяцем і шестикутною зіркою. Червоний колір уособлював опір колонізації, білий ромб — чистоту намірів, півмісяць і зірка — ісламську ідентичність і боротьбу за свободу. Цей прапор став символом антиколоніального руху. Після здобуття незалежності 2 березня 1956 року червоний прапор із зеленою п’ятикутною зіркою, пропорції якого становлять 2:3, став офіційним національним символом. Зірка займає третину висоти полотна і направлена вгору, що символізує духовний підйом. Цей дизайн уособлює мужність, віру, єдність і природну спадщину Марокко, залишаючись незмінним донині.