Доколоніальний період. На території сучасного Чаду з IX століття існували великі мусульманські імперії — Канем, пізніше Канем-Борну, а також султанати Багірмі та Вадаї. Ці держави використовували власні прапори та штандарти — переважно зелені, білі та чорні полотнища з арабською каліграфією, типові для ісламських султанатів регіону Сахелю. Жодних візуальних елементів цих історичних прапорів сучасний прапор Чаду не успадкував.
Колоніальна епоха (1900–1958). Французи розпочали проникнення в регіон у 1890-х роках. У 1900 році після битви при Кусері, де французькі війська розгромили армію працеторговця Рабіха аз-Зубайра, територія перейшла під військовий контроль Франції. У 1920 році Чад офіційно став колонією у складі Французької Екваторіальної Африки. Протягом усього колоніального періоду на території використовувався виключно французький триколор — окремого прапора колонія не мала.
Окрема глава — Друга світова війна. У серпні 1940 року Чад під керівництвом губернатора Фелікса Ебуе (першого темношкірого губернатора французької колонії) став першою територією, що приєдналася до "Вільної Франції" Шарля де Голля. Саме з Чаду колона полковника Леклерка вирушила в історичний рейд через Сахару до Лівії. Ця епоха зміцнила франко-чадські зв'язки, які пізніше відобразилися й у виборі кольорів національного прапора.
Автономія та народження прапора (1958–1959). 28 листопада 1958 року Чад отримав статус автономної республіки в межах Французького Співтовариства. Постало питання про власний прапор. Перший варіант, запропонований у 1958 році, повторював панафриканську палітру Гани — зелений, жовтий і червоний — із вертикальним розташуванням смуг. Однак виявилося, що цей дизайн майже ідентичний щойно прийнятому прапору Малі (тоді — Суданської Республіки).
Тому в 1959 році Тимчасові Установчі Збори Чаду під керівництвом першого прем'єр-міністра Франсуа Томбалбая ухвалили компромісне рішення: замінити зелений на синій (індиго). Так з'явилася унікальна комбінація — синій-жовтий-червоний, яка одночасно віддавала шану французькій метропольній традиції (синій і червоний від триколора) та панафриканському руху (жовтий і червоний). Прапор офіційно затвердили 6 листопада 1959 року.

Незалежність і подальше використання (1960 — донині). 11 серпня 1960 року Чад проголосив незалежність, і прапор зразка 1959 року автоматично став державним символом нової республіки. На відміну від багатьох африканських країн, які після незалежності неодноразово змінювали свої прапори через перевороти, революції чи зміни ідеології, Чад зберіг свій прапор без змін уже понад 65 років — попри громадянські війни 1965–1979 та 2005–2010 років, численні перевороти й зміни режимів.
Дипломатичний інцидент 2004 року. До 1989 року на прапорі Румунії був державний герб у центрі жовтої смуги, що чітко відрізняло його від чадського. Після Румунської революції 1989 року герб прибрали — і два прапори стали практично ідентичними. У квітні 2004 року, коли Румунія готувалася вступити до НАТО, президент Чаду Ідріс Дебі звернувся до ООН із проханням розглянути ситуацію. Бухарест відповів, що румунський триколор має історію з 1848 року й відмови від нього не буде. Питання тихо зам'яли, і обидві країни далі користуються майже однаковими прапорами — рідкісний випадок у міжнародній практиці.
Сучасність. Прапор Чаду залишається одним із найстабільніших символів країни. Він використовується на всіх державних будівлях, у посольствах, на військовій формі та національних спортивних змаганнях. Попри політичну турбулентність останніх десятиліть — включно з загибеллю президента Ідріса Дебі у 2021 році та переходом влади до його сина Махамата — дизайн прапора жодного разу не ставився під сумнів.