У 1924 році радянська влада взяла під свій контроль Західний Туркестан і пообіцяла рівність для всіх етнічних груп. Киргизи отримали власну автономну область. У складі СРСР вона отримала статус автономної республіки в 1926 році, а в 1936 році її було підвищено до союзної республіки.

1953 року Киргизька РСР прийняла модифіковану версію радянського Червоного Прапора, додавши до нього синьо-біло-синю горизонтальну смугу посередині. Киргизстан проголосив свою незалежність 31 серпня 1991 року, за чотири місяці до розпаду Радянського Союзу. Але протягом семи місяців після проголошення незалежності в якості державного прапора використовувався прапор радянських часів. Прапор Киргизької Радянської Соціалістичної Республіки (РСР) був замінений на прапор Киргизької Республіки в 1992 році, через кілька місяців після проголошення незалежності країни. Він був остаточно змінений на нинішній дизайн 3 березня 1992 року, на наступний день після того, як Киргизстан і сім інших пострадянських країн були прийняті до ООН.