Історія національного прапора розпочалася 29 листопада 1949 року, коли Рада правителів у співпраці з Федеральною законодавчою радою провела конкурс на національному рівні, щоб обрати дизайн прапора.
У конкурсі на створення в травні 1948 року взяли участь 373 працівники, які пройшли процес відбору та розгляду. 15 листопада 1949 року лише три проекти були успішно відібрані до фінального етапу, а переможцем було обрано Мохамеда бін Хамза (архітектора Департаменту громадських робіт штату Джохор).
Однак у дизайн прапора було внесено кілька правок, а саме півмісяць і зірка, які спочатку були білими, замінили на жовті, що символізувало королівський колір.
19 травня 1950 року дизайн прапора був затверджений королем Георгом VI, а 26 травня 1950 року прапор Федерації Малайзії вперше був піднятий на території палацу Султана Селангор у присутності правителів Малайзії та офіційних осіб Короля Георга VI.

Спочатку прапор Федерації Малайзії містив 11 горизонтальних смуг червоного та білого кольорів і 11-променеву зірку, а 16 вересня 1963 року, коли Сабах, Саравак та Сінгапур увійшли до складу Федерації Малайзії, їх кількість збільшилася до 14.
31 серпня 1997 року з нагоди святкування 40-річчя національної незалежності Тун доктор Махатхір Мохаммад оголосив нову назву малайзійського прапора - Джалур Геміланг (Jalur Gemilang).