Прапор, який офіційно використовується з 1981 року, має герб Джерсі, увінчаний короною Плантагенетів. До цього прапор був звичайний червоний діагональний хрест св. Патрика на білому фоні.

Історичні дослідження не змогли встановити походження цього прапора. Серед легенд є історія про те, що помилковий переклад з голландської мови слова "Erse" ("ірландський") на голландській карті помилково позначили "Ierse" (Джерсі) червоним хрестом святого Патріка. Однак карти французького Адміралтейства показують, що Джерсі використовував червоний діагональний хрест ще до прийняття цього символу для Ордену Святого Патріка і його включення в сучасний прапор Союзу.
Дехто стверджує, що червоний хрест має норманське походження. Червоний хрест Ордену Святого Патрика був запозичений наприкінці 18 століття з геральдики гіберно-нормандської родини Фіцджеральдів. Якщо це старий нормандський символ, то червоний хрест Джерсі може мати таке ж походження. Джерсі, разом з іншими Нормандськими островами, було надано нейтралітет папою під час воєнних дій між Англією та Францією. Оскільки вони могли вільно торгувати з обома сторонами, кораблі Джерсі потребували способу відрізнити себе від англійських кораблів. Тому вони обертали хрест Святого Георгія.
У другій половині 20-го століття, коли Джерсі набув більшої ваги на міжнародній арені, багато хто вважав, що прапор недостатньо виразний, щоб представляти острів, що існує занадто велика плутанина з хрестом Святого Патрика як ірландським символом, і що він був прийнятий як один з міжнародних морських сигнальних прапорів. Проте багато хто хотів залишити традиційний хрест, який використовувався з незапам'ятних часів. Ще був запропонований варіант прапора з трьома леопардами - геральдичного знаку острова.
Таким чином, нинішній прапор можна розглядати як компроміс між різними течіями. Хоча прапор піднімається в Джерсі, три леопарди набагато ширше використовуються як національний символ влади і цивільного населення.