Багамські острови стали британською колонією в 1717 році і використовували прапор з Юніон Джеком у кантоні на синьому тлі та емблемою коронної колонії. З 1869 по 1964 рік герб залишався незмінним і містив зображення британського корабля, що переслідує два піратські судна у відкритому морі, з девізом "Expulsis piratis restituta commercia" навколо зображення, що означає "Пірати вигнані, торгівля відновлена".

У 1964 році емблему було змінено, що надало їй більш реалістичного вигляду. Після виборів у 1972 році територія почала переговори про незалежність. Прапором Багамських островів був символ вигнання піратів. Емблема не отримала офіційного затвердження до 1964 року.

Замість вибору єдиного проекту-переможця для нового прапора, було вирішено створити комбінацію різних елементів з різних запропонованих варіантів. Новий прапор був піднятий 10 липня 1973 року, коли Багамські острови стали незалежною країною. Здобувши незалежність, країна змінила свою назву з “коронної колонії Багамських островів” на Багамські острови.