Після проголошення незалежності Гватемали 15 вересня 1821 року провінційні збори, скликані урядом 10 травня 1823 року, вирішили тимчасово прийняти білий прапор з червоною зіркою в центрі.
21 серпня 1823 року Національні установчі збори Об'єднаних провінцій Центральної Америки надали новій державі прапор. Прапор складався з трьох горизонтальних смуг, синьої вгорі і внизу та білої в центрі, на яких був зображений герб. Коли 6 березня 1824 року Коста-Ріка приєдналася до Центральноамериканської Республіки, вона прийняла цей прапор.

2 листопада 1824 року був затверджений прапор Об'єднаних провінцій Центральної Америки, що складався з трьох горизонтальних смуг: синьої, білої і синьої, з гербом Об'єднаних провінцій в центрі білої смуги і гербом держави Коста-Ріка в нижній синій смузі.
У 1840 році на національному прапорі повернулися до використання єдиного герба в центрі, але порядок смуг змінився. Тепер синя смуга була в центрі, а дві білі смуги - зверху вниз. Ця версія прапора використовувалася лише два роки, до 1842 року.
Нинішній триколірний прапор і центральний мотив герба з'явилися під час правління доктора Хосе Марії Кастро в 1848 році.

Прапор являв собою триколірний стяг з п'яти смуг, розміщених горизонтально в такій послідовності: червона, вдвічі ширша за інші, смуга в центрі знаходиться між двома білими смугами, за кожною з яких слідує синя смуга. У центрі червоної смуги вишитий герб Республіки.
Концепція та дизайн нинішнього прапора, який використовується з цього року, була розроблена пані Пасіфікою Фернандес Орімуно, дружиною тодішнього глави держави доктора Хосе Марії Кастро Мадріса, і натхненна прапором Франції.