У 1857 році Сполучені Штати анексували острів Навасса на підставі Закону про гуано, який дозволяв американським громадянам займати безлюдні острови, багаті на гуано, що використовувалося як цінне добриво. Після цього острів перебував під управлінням США, і, відповідно, на ньому почали використовувати офіційний прапор США. Однак, Гаїті також претендує на острів, базуючись на історичних претензіях, але цей спір не призвів до створення окремого прапора для Навасси.
Сьогодні острів Навасса є частиною Національного заповідника дикої природи США і управляється Службою рибних ресурсів та дикої природи США. У зв'язку з цим, на острові використовуються офіційний прапор США та прапор цієї служби, який представляє управління та охорону природних ресурсів. Ця ситуація підкреслює особливості політичного та адміністративного управління островом, а також його важливість як природного заповідника.