Прапор Панами був прийнятий 25 березня 1925 року і являє собою поле, розділене на чотири частини, де верхній лівий кут і нижній правий - білого кольору з п'ятикутною зіркою синього і червоного кольорів відповідно, а верхній правий кут і нижній лівий - червоного і синього кольорів відповідно.
Вважається, що зірки і чверті означають конкуруючі політичні партії, а білий колір - мир, в якому вони діють.
На президентському прапорі Панами додатково розміщено ще герб Панами у центрі.
Герб Панами складається з кількох елементів, кожен з яких має своє значення. У центрі щита зображено перешийок з морем і небом, а сонце ховається за горою, що символізує годину здобуття незалежності. Верхня частина розділена на дві чверті: ліва представлена срібним полем з мечем і гарматою, які означають відмову від громадянських воєн, а права - червоним полем з перехрещеними лопатою і мотикою, що символізує працю. Нижня частина герба розділена навпіл, ліва половина якого представлена синім полем і зображує ріг достатку, а права містить крилате колесо, що символізує прогрес. За щитом зображено орла з розпростертими крилами, який символізує суверенітет і тримає стрічку з написом "Pro Mundi Beneficio". На орлі - десять золотих зірок, що представляють провінції Республіки: Бокас-дель-Торо, Чирикі, Кокле, Колон, Дар'єн, Еррера, Лос-Сантос, Панама, Західна Панама, Верагуас. Національні прапори також зображені по боках герба як декоративні аксесуари.
Історія панамського прапора сягає часів європейської колонізації, коли Іспанія контролювала ці землі. Офіційним прапором країни тоді був прапор Іспанії - дві червоні горизонтальні смуги по краях з жовтою вдвічі ширшою смугою і гербом у центрі. Навіть коли Панама стала частиною іншого віце-королівства, прапор не змінився. Однак, коли в Південній Америці виникли рухи за незалежність, панамці створили власні прапори, щоб відобразити свою ідентичність.
Велика Колумбія була створена в 1819 році, а після ратифікації всіма державами-членами в 1821 році вона стала суверенною державою. До її складу увійшли Колумбія, Панама, Венесуела та Еквадор. Однак існування Великої Колумбії тривало лише дев'ять років, а її прапором був жовто-синьо-червоний горизонтальний триколор з гербом Великої Колумбії в центрі. Після розпаду Великої Колумбії країни-члени знову стали незалежними. Панама стала частиною Колумбії в результаті поділу. Колумбія, Венесуела та Еквадор зберегли однаковий дизайн прапора Великої Колумбії. Цей дизайн можна побачити на сучасних прапорах цих країн. Хоча Панама має свої відмінності в національному прапорі, вона також використовує червоний і синій кольори, які були присутні на прапорі Великої Колумбії.
Після розпаду Великої Колумбії провінції були розділені по-різному. Панама та інші колумбійські провінції увійшли до складу Республіки Нова Гранада. Прапор нової Гранади складався з трьох вертикальних смуг червоного, синього і жовтого кольорів у відповідній послідовності. Панама залишалася в цій конфедерації до 1858 року, коли конфедерація розпалася і почався федералістський період. У 1863 році країна була перейменована на Сполучені Штати Колумбії, де кожен регіон почав діяти незалежно. Прапор Сполучених Штатів Колумбії використовувався з 1863 по 1886 рік і складався з трьох горизонтальних смуг: жовтої, синьої та червоної у відповідному порядку, де жовта була вдвічі ширшою за інші. Після централізації Республіки Нова Гранада в 1863 році було вирішено розділити Колумбію на федеральні штати.
Колумбія і Панама мали різні прапори під час федеративного періоду. Колумбія не мала жодних відмінностей від прапора Сполучених Штатів Колумбії і продовжувала використовувати його до 1903 року, тоді як Панама мала інший прапор з гербом і написом "Суверенна держава Панама". Після здобуття незалежності в 1903 році Панама змінила свій прапор.
За основу прапора Панами було взято прапор США, але з кольорами колумбійського прапора. Дизайн мав червоні та жовті смуги, що символізували Іспанію, та сонце, що представляло позицію Панами на континенті. Однак цей дизайн не став офіційним. У 1903 році було створено сучасний панамський прапор, але з синім квадратом у верхньому лівому куті, який є перевернутою версією нинішнього прапора. За створення прапора відповідав Мануель Амадор Герреро, один з головних прихильників незалежності Панами. Він попросив свого сина створити новий прототип після того, як перший дизайн був відхилений.
Син створив прапор Панами, який використовується сьогодні. Він взяв за основу форму прапора політичний статус Панами і використав білий колір як символ миру. Прапор був офіційно піднятий 3 листопада 1903 року, після здобуття Панамою незалежності. Цей день офіційно відзначається як день відокремлення Панами від Колумбії. Для того, щоб першим на флагштоці піднімався білий квадрат з блакитною зіркою, було вирішено перевернути прапор однією стороною догори. Амадор Герреро запропонував цю зміну панамському Конгресу. У 1903 році прапор почали використовувати офіційно, але юридичне затвердження цієї зміни було отримано лише у 1925 році. Протягом останніх 100 років панамський прапор залишається незмінним.
