До колонізації Волліс і Футуна існували як окремі полінезійські королівства, кожне зі своїми власними традиціями та політичною структурою. Острови перебували під владою місцевих вождів і королів, які управляли через місцеві звичаї та закони. Хоча офіційних прапорів в сучасному розумінні не існувало, багато полінезійських суспільств мали релігійні та культурні символи, які відігравали важливу роль у їхньому житті. Кожне з королівств (Увеа на Воллісі та Ало і Сігаа на Футуні) використовувало власні традиційні символи, пов'язані з королівськими родинами, але ці символи не були представлені у вигляді прапорів.
До французького протекторату Королівство Увеа (Валліс) мало червоний прапор з білим хрестом, який нагадував мальтійський хрест. Цей хрест був запроваджений французькими католицькими місіонерами, братами-маристами, в рамках їхньої євангелізаційної діяльності. Коли французький протекторат був офіційно встановлений у 1887 році для Воллісу і в 1888 році для Футуни, французький триколор був доданий до кантону існуючого прапора. Ця зміна символізувала новий політичний статус островів під протекторатом Франції. Червоний прапор з білим хрестом став офіційним представництвом Увеа, а згодом його було поширено на весь Волліс і Футуну, причому на кожному з островів поряд з французьким прапором збереглися варіації цього прапора, що представляють їхні традиційні королівства. Додавання французького триколора в кантоні означало французький суверенітет над островами при збереженні культурної та релігійної ідентичності, встановленої через хрест.
У 1961 році Волліс і Футуна були офіційно визнані французькою заморською територією, що ще більше закріпило присутність французької символіки на місцевому прапорі. Цей статус дозволив островам зберегти певну автономію, водночас перебуваючи під адміністративним контролем Франції. Таким чином, прапор став символізувати цю подвійну ідентичність: традиційну та колоніальну. У 1980-х роках на островах Волліс і Футуна відбулася важлива подія в їх культурній ідентичності: королівства Алó(3) та Сігаве(2), які є частинами Футуни, створили власні прапори. Це було зроблено для підкреслення їхнього місцевого суверенітету та ідентичності, тоді як традиційний прапор Волліса і Футуни залишився для королівства Увеа(1) (Волліс).

Усі три прапори містять французький триколор у куті, що символізує зв'язок з Францією, яка є сувереном цих територій. Такі прапори продовжують використовуватися під час традиційних урочистостей і свят.
Сучасний неофіційний прапор Воллісу і Футуни складається з червоного полотнища з чотирма білими трикутниками, які формують хрест святого Андрія в центрі. У верхньому лівому куті міститься французький триколор, обведений білою рамкою, що символізує статус території як заморської громади Франції. Цей прапор став поширеним символом і використовується як на офіційних заходах, так і під час культурних свят на островах. Білий хрест, утворений чотирма трикутниками, представляє три королівства островів Волліс і Футуна (Увеа, Ало та Сіґаве), а також адміністратора, який діє від імені Франції. Точний рік створення цього прапора невідомий, однак він став більш активно використовуватися з 1980-х років, коли кожне з трьох королівств отримало свої власні символи.