Першим прапором Еквадору можна вважати прапор, який використовувався під час першої хунти в Кіто в 1809 році - Бургундський хрест іспанської колоніальної імперії, тільки з протилежними кольорами. Оригінальний хрест був червоним на білому тлі, тоді як прапор Еквадору має білий хрест на червоному тлі. Цей прапор потім використовувався другою хунтою в 1810 році, а потім після спроби підірвати його урядом Кіто в 1811 році. Синьо-білий прапор був затверджений як емблема міської асамблеї після перемоги в боротьбі за незалежність Гуаякіля в 1820 році. Цей прапор мав п'ять смуг синього і білого кольорів, а на центральній синій смузі були зображені три білі п'ятикутні зірки, що представляли три адміністративні райони: Портов'єхо, Мачала і Гуаякіль.

У червні 1822 року прапор міста Гуаякіль було змінено після його приєднання до Республіки Колумбія. Початковий прапор був білого кольору з білою зіркою на синьому тлі в кантоні, але за наказом Болівара його швидко замінили на колумбійський триколор. Однак для деяких істориків цей прапор досі символізує незалежність Гуаякіля і вказує на його унікальну ідентичність як вільної провінції. Хоча дві зірки на прапорі були замінені на одну, це не означало втрату території Гуаякіля, а лише підкреслювало його відмінність від інших провінцій.

На Конституційному конгресі Колумбії було прийнято рішення прийняти прапор Венесуели як прапор Колумбії, а пізніше було створено офіційний прапор з новим гербом. Цей прапор використовувався з 1822 по 1830 рік. Після розпаду Колумбії Еквадор став однією з трьох держав колишньої Колумбії і використовував прапор Колумбії зі зміненим гербом. Однак на Установчому конгресі 1835 року було проголошено незалежну Республіку Еквадор. Прапор залишався у використанні до конституційного конвенту 1843 року, який призвів до зміни герба. Наступний герб був створений у 1843 році і залишався незмінним до капітуляції генерала Флореса. Однак через невдалий соціально-економічний курс, який проводив Флорес, в країні поширилося невдоволення, що призвело до революції 1845 року.

Під час цієї революції було прийнято новий прапор, який виглядав як біло-синьо-білий триколор з вертикальними смугами і трьома зірками, що символізували адміністративні регіони Еквадору. Указом від 6 листопада 1845 року кількість зірок було збільшено з трьох до семи, як символ семи провінцій, з яких складається Республіка.

Однак у 1860 році верховний лідер Габріель Гарсія Морено змусив відновити колумбійський прапор, замість біло-блакитних смуг з сімома зірками, щоб відобразити єдність провінцій. У 1861 році цей указ був ратифікований Національним конвентом, тож триколор став офіційним прапором Еквадору. 31 жовтня 1900 року в офіційному реєстрі було внесено запис про те, що національний прапор має бути триколірним, як це було за часів незалежності країни, а також додано герб для офіційного використання. У листопаді 2009 року відбулася остання модифікація прапора і були видані правила, що описують використання і пропорції національного прапора, герба та інших національних символів.