У 1888 році Британська імперська східноафриканська компанія (IBEAC) отримала королівську хартію на управління та захист британських комерційних інтересів у Східній Африці, включаючи майбутню Уганду. Компанія зміцнила свій контроль у 1891 році шляхом підписання договору з могутнім Королівством Буганда. Однак через релігійні війни та фінансові труднощі IBEAC втратила свої позиції, передавши свої адміністративні права британському уряду в 1893 році.
Хоча IBEAC відіграла вирішальну роль у встановленні британської присутності, дослідницькі матеріали не містять детального опису конкретного прапора компанії або його символіки, окрім згадки про те, що «колоніальні прапори та прапори, які відображали значок IBEAC, були змінені, щоб відображати новий значок Кенії».
У 1894 році Королівство Буганда було офіційно оголошено Британським протекторатом, що охоплював землі, які складають сучасну Уганду. Це ознаменувало перехід від комерційного управління до прямого британського урядового контролю. Угода з Бугандою 1900 року була основоположною, визнаючи Кабаку (короля) Буганди правителем королівства за умови його вірності британському монарху та надаючи статутне визнання Лукіко (раді вождів), одночасно інтегруючи Буганду як провінцію в ширшу адміністративну та податкову систему протекторату. Британська адміністрація поступово поширила свій контроль на інші королівства, такі як Буньоро, Торо та Анколе, до 1896 року, підписавши договори, хоча північні та східні райони без централізованої влади управлялися безпосередньо. До 1914 року Юніон Джек, національний прапор Сполученого Королівства, був єдиним офіційним прапором, що використовувався для представлення британської влади в Протектораті Уганда.
У 1914 році для Протекторату Уганда був офіційно прийнятий відмінний прапор, який замінив виключне використання Юніон Джека. Цей прапор був Британським синім прапором (Blue Ensign), поширеним дизайном для британських колоній і територій. Він мав Юніон Джек у кантоні (верхній лівій частині біля древка) та значок на полотнищі (зовнішній частині прапора). Значком, розміщеним на прапорі, був сірий вінценосний журавель. Цей прапор використовувався до березня 1962 року, незадовго до здобуття Угандою незалежності.
Сірий вінценосний журавель, великий птах, що походить з Уганди та прилеглих районів, був обраний офіційним символом території. Його вибір був навмисним: Британська імперія обрала цей новий, нейтральний символ, щоб уникнути будь-якого натяку на фаворитизм щодо одного з численних могутніх традиційних королівств (таких як Буганда, яке мало власний прапор), що входили до складу нової колонії. Цей прагматичний вибір мав на меті підтримувати стабільність та запобігати міжнаціональним суперництвам, які ускладнювали б колоніальну адміністрацію.
Журавель славився своєю ніжною вдачею , а його граціозність викликала особливий інтерес у британських чиновників. Сер Фредерік Джексон, орнітолог і губернатор Протекторату Уганда, успішно лобіював короля Георга V, щоб зробити вінценосного журавля офіційним символом території. Крім того, сірий вінценосний журавель мав історичний зв'язок, слугуючи військовим значком угандійських солдатів під час британського правління. Донині вінценосний журавель залишається офіційним символом Уганди і шанується її народом.
У міру того, як Уганда рухалася до незалежності, виникла нагальна потреба в національному прапорі, який би представляв різноманітні народи та культури країни. Після виборів 1 березня 1961 року Демократична партія (ДП) на чолі з Бенедикто Ківанукою сформувала уряд і стала першою політичною партією, яка керувала країною внутрішньо. Цей уряд ініціював процес розробки національних відзнак, включаючи прапор.
Національний комітет з прапора, очолюваний Сентізою Каджубі, спочатку запропонував прапор із зеленим, синім та золотим кольорами, одноголосно погодженими для відображення аспектів країни, а не політичних партій. Наприклад, Комітет загального призначення районної ради Тесо запропонував синій колір для позначення великої кількості води в Уганді та зелений для її рослинності, з вінценосним журавлем, що стоїть на горі в центрі, як символ безперервності.
Конкретний запропонований дизайн прапора Демократичної партії мав вертикальні смуги зеленого-синього-зеленого кольору, розділені вужчими жовтими смугами, з силуетом жовтого журавля в центрі. Цей дизайн використовувався з березня 1962 року по жовтень 1962 року, хоча його офіційний статус обговорюється. Однак цей дизайн зрештою був визнаний деякими «непопулярним» і «не дуже «африканським»». Крім того, зелений колір асоціювався з Демократичною партією, що викликало дискомфорт у інших політичних фракцій.
Все різко змінилося після національних виборів 25 квітня 1962 року, коли Демократична партія втратила владу на користь Народного конгресу Уганди (UPC). Мілтон Оботе, лідер UPC, став прем'єр-міністром і привів Уганду до офіційної незалежності 9 жовтня 1962 року.
Новообраний уряд UPC відхилив запропонований ДП дизайн прапора. Замість цього вони запропонували поточний дизайн, який безпосередньо базувався на власному партійному прапорі UPC, триколорі з горизонтальними смугами чорного, жовтого та червоного кольорів.
Прапор був розроблений Грейсом Ібінгірою, який обіймав посаду міністра юстиції Уганди. Хоча К. Тодд, професор образотворчого мистецтва в університеті Макерере, згадується як розробник Герба Уганди та інших церемоніальних предметів, зареєстрованих у Колегії гербів у Лондоні , основна заслуга в розробці прапора послідовно приписується Грейсу Ібінгірі.
