Оригінальний словацький прапор у середньовіччі складався з червоної та білої смуг (червона зазвичай була вгорі). Найстаріший запис про словацький прапор відображений на печатці міста Нітра з часів Белі IV (1235-1270), на якому зображений білий хрест на червоному тлі. Сучасна форма прапора була створена під час революції 1848-1849 років, коли словаки воювали проти угорців. Спочатку використовувався червоно-білий прапор без герба, але з вересня 1848 року синя смуга була додана і прапор став червоно-синьо-білим. Деякі прапори також мали угорський національний герб, але колір вінків часто змінювався на синій, що відповідає сучасним кольорам словацького герба. Використання угорського герба показувало прагнення словаків до визнання своєї нації в межах Угорщини. Порядок смуг залишався однаковим до 1868 року, і цей прапор активно використовувався словацькими асоціаціями у США.

Після створення Чехословаччини у 1920 році був створений новий прапор, який складався зі стандартного чеського біло-червоного прапору з синім трикутником. Згідно з законом, сучасна Чеська Республіка використовує цей прапор, хоча це порушує Закон про поділ Чехословаччини 1992 року, який забороняє використання символіки Чехословаччини державами-правонаступниками.
Утім, словаки також використовували свій трисмуговий прапор після 1918 року, і в 1919 році використання цього прапору було офіційно дозволено в Чехословаччині. Після проголошення автономії Словаччини в 1938 році, цей трисмуговий прапор став офіційним. У той же час, словаки тимчасово використовували прапор з червоним подвійним хрестом у білому колі на синьому тлі як символ боротьби за автономію та суверенітет.

Перша Словацька Республіка використовувала сучасний національний прапор без словацького герба в період з 1939 по 1945 роки. Вперше герб був доданий до прапору в 1991 році, щоб уникнути плутанини з прапорами Росії та Словенії. Проте, через існуючі політичні проблеми, новий прапор з гербом був введений лише в 1992 році. Деякі деталі форми словацького національного прапора були визначені лише Актом Національних зборів Словацької Республіки від 18 лютого 1993 року. Згідно з ним, висота щита з гербом дорівнює половині ширини прапора, а щит оточений білою смугою, ширина якої дорівнює одній сотій довжини прапора.