Перша поява прапору була не від держави, а у якості особистого прапору графа Йосипа Єлачича-Бужимського (австрійського полководця хорватського походження). Він містив у собі червоно-білий прапор Хорватії та біло-блакитний прапор Славонії, а посередині був щит з королівською короною розділений на три частини який містив:
- герб Хорватії - шахове біло-червоне поле;
- герб Славонії - верхня синя частина з зображенням зірки, а між двома білими лініями, що символізують річки, розміщено зображення куниці на червоному фоні;
- герб Далмації - синій щит з трьома головами левів.
Такий прапор було піднято вперше 5 червня 1848 року під час інтронізації Йосипа Єлачича на посаду бана. Відтоді хорвати використовують червоно-біло-синій триколор як національний символ. Деякий час до 1860х років використання триколору було заборонено, але після цього його було офіційно ухвалено хорватсько-угорською мировою угодою в 1868 році.
В 1918 році Хорватія втратила свою державність і, відповідно, свій офіційний прапор. В цей час існував прапор тільки з триколором, без герба посередині. У 1939 році герб із шаховим полем став гербом Бановини Хорватії та унікальним символом політичної та національної ідентичності. Хоча під час Бановини Хорватії більшість прапорів мали герб, використовувався також і звичайний триколор без герба.

У період з 1943 по 1945 рік використовувався прапор Федеративної держави Хорватія. Потім, до 1947 року, використовувався абсолютно ідентичний прапор, але під іншою назвою - прапор Народної Республіки Хорватія, а в третій період з 1947 по 1990 рік - прапор Соціалістичної Республіки Хорватія. Загалом, цей період з 43-го по 90-ті роки можна об'єднати спільним прапором, оскільки він був майже ідентичним і виглядав як червоно-біло-синій триколор з червоною зіркою посередині. Лише в останній ітерації цього прапора зірку збільшили і додали золотий контур.
У 1990 році Хорватія повернулася до використання старого триколору з шаховою дошкою з 25 червоних і білих квадратів. Версія нового прапора Республіки Хорватія була вперше офіційно вивішена 30 травня 1990 року на площі бана Єлачича, а з 21 грудня він набув нинішнього вигляду з гербом і короною у формі п’яти історичних гербів хорватських країн.