Сен-Бартельмі був відкритий Христофором Колумбом під час його другої подорожі до Нового Світу в 1493 році. Колумб назвав острів на честь свого брата Бартоломео. Проте острів залишався незаселеним протягом століть після його відкриття.
У 1648 році французькі колоністи з острова Сент-Кітс заселили Сен-Бартельмі, але острів не мав великого економічного значення і зазнав численних нападів піратів. В 1651 році острів перейшов під управління Мальтійського ордену, але вже в 1674 році він знову став французькою колонією.
У 1784 році Франція продала Сен-Бартелемі Швеції, яка зробила значний внесок у розвиток острова, зокрема будівництво столиці Густавії, названої на честь короля Густава III, та встановлення економічної свободи, що сприяло зростанню торгівлі. У 1878 році Сен-Бартельмі знову став частиною Франції. З того часу він залишався французькою колонією і згодом отримав статус заморської території.
Таким чином, на острові використовувалися такі прапори:
- Французький період (до 1784 року): Острів використовував французький прапор.
- Шведське володіння (1784-1878): Під час шведського правління використовувався шведський прапор.
- Повернення до Франції (з 1878 року): Після повернення до Франції острів знову використовував французький триколірний прапор, який залишається офіційним до сьогодні.