До моменту прибуття європейців на острови Самоа, місцеві племена не використовували прапорів у сучасному розумінні цього поняття, а їхня ідентичність виражалася через культурні та духовні символи, зокрема через родові тотеми і ритуали. Перше європейське відкриття островів Самоа відбулося в 1722 році, коли голландський дослідник Якоб Роггевен вперше досліджував цей регіон. Відтоді регіон почав поступово залучатися до сфери європейського впливу. Протягом 19-го століття в різних частинах архіпелагу могли підніматися прапори європейських колоніальних держав. Американське Самоа, як територія, офіційно перейшла під контроль США 17 квітня 1900 року. З моменту приєднання до США, Американське Самоа почало тісніше інтегруватися в політичну та економічну систему цієї країни, зберігаючи при цьому значну частину своєї культурної ідентичності. Протягом шістдесяти років на території використовувався тільки американський прапор, доки не було ухвалено рішення про створення власного прапора для місцевої ідентичності.

Сучасний прапор Американського Самоа був офіційно прийнятий 27 квітня 1960 року. Він був розроблений за співпраці між місцевими лідерами та Інститутом геральдики армії США. Це забезпечило баланс між місцевими традиціями та символікою США. Прапор Американського Самоа зайняв 17-те місце у рейтингу кращих прапорів, складеному Північноамериканською вексилологічною асоціацією, серед 51 прапора. Це свідчить про його унікальність та високу оцінку з естетичної точки зору. Орел на прапорі символізує захист США, тоді як традиційні самоанські предмети символізують владу і мудрість місцевих лідерів. Однак офіційно День прапора відзначається щороку 17 квітня, на честь першого підняття прапора США на острові. Таким чином, у 2024 році Американське Самоа відзначило 124-ту річницю прапора.