Прапор складається з двох частин:
Кірібаті складається з 32 атолів (коралових островів) і одного піднесеного коралового острова, розташованих у центральній частині Тихого океану. Вони поділяються на три основні групи: острови Гілберта, острови Фенікс та острови Лайн. Острови Гілберта є найбільш густонаселеними і складаються з островів: Абаіанга, Абемама, Араноа, Ароріаі, Бануаба, Беру, Бутарітарі, Кураіо, Майана, Маракеі, Нікунау, Ноноті, Онетоа, Тарава, Табітеуеа, Тамакаі і Тапутеуеа. Столиця країни, Південна Тарава, також входить до цієї групи. Це політичний та економічний центр Кірібаті. Острови Фенікс складаються з віддалених і менш населених островів, таких як Бірні, Ендербері, Кантон, Макіна, Манра, Нікумароро, Орона і Равакі. Материкові острови включають Банаба, єдиний піднятий кораловий острів, а також Кароліна, Флінт, Кірітіматі, Молден, Старбак, Воскаежд, Терінай, Табуаеран і Терінаман. Відомий як Острів Різдва, Кірітіматі є найбільшим за площею атолом у світі і має важливе значення для рибальства та туризму.
До того, як всі вищезгадані острови стали одним цілим і об'єдналися під загальною назвою Кірібаті, вони мали власне минуле і прапори, які формують спільну історію становлення. Одним з таких островів є Королівство Абемама, розташоване в центральній частині Тихого океану у складі групи островів Гілберта. Прапор Королівства Абемама, який використовувався до 1889 року, складався з синього полотнища з білим хрестом Святого Андрія і трьома білими п'ятикутними зірками, розташованими в кожному з чотирьох синіх трикутників, розташованих по краях прапора. Хрест святого Андрія, що нагадує Х, символізував зв'язок між островами та християнською вірою, яка на той час стала невід'ємною частиною культури абемама. Однак спочатку прапор дещо відрізнявся, а саме кількість білих зірок була 4 замість 3. Ця версія використовувалася лише один рік, 1884, і немає достовірної інформації, яка б пояснювала символіку зірок і те, чому їх було 4, а потім 3. Однак перед анексією британцями в 1892 році прапор Абемама змінився ще один раз. Новий прапор складався з трьох горизонтальних смуг: червоної, жовтої та зеленої у відповідній послідовності. У центрі прапора була зображена чорна акула:
У 1892 році острови Гілберта були офіційно анексовані Великою Британією, і Абемама втратила свою незалежність. Британська адміністрація запровадила нові закони та правила, які часто суперечили традиційним звичаям острів'ян.
Прапором того періоду був стандартний британський прапор. Юніон Джек складався з синього полотнища з червоним хрестом Святого Георгія (покровителя Англії), накладеним на білий хрест, який, у свою чергу, перетинався з діагональним білим хрестом Святого Андрія (покровителя Шотландії) і червоним діагональним хрестом Святого Патріка (покровителя Ірландії).
У 1937 році колоніальний статус островів змінився на окрему адміністративну одиницю - Колонію островів Гілберт і Елліс. Для цієї колонії було прийнято новий прапор, що складався з Юніон Джека у верхньому лівому куті та колоніального герба у правій частині. Герб колонії виглядав як сучасний прапор Кірібаті, а саме фрегат, сонце і морські хвилі, але був розміщений на щиті.
Японські війська окупували острови Гілберта в грудні 1941 року, невдовзі після нападу на Перл-Гарбор. Японська окупація тривала до битви за Тараву в листопаді 1943 року, коли американські війська провели десантну висадку і звільнили острови. Під час окупації на території островів використовувався прапор Японської імперії, який складався з червоного сонця в центрі білого полотнища.
Після звільнення від японської окупації острови повернулися до мирного життя під британським колоніальним пануванням. У 1976 році острови Гілберт та Елліс отримали внутрішню автономію, що стало першим кроком до незалежності. Для цієї нової адміністративної одиниці британський колоніальний прапор, а саме герб, був дещо змінений. Тепер він був розміщений всередині білого кола з написом "TE MAORI TE RAOI AO TE TABOMOA". Цей девіз є основою національного герба Кірібаті і перекладається як "Здоров'я, мир і процвітання".
Нарешті, у 1979 році острови Гілберта отримали повну незалежність і стали суверенною державою Кірібаті. Після здобуття незалежності було прийнято новий національний прапор, який використовується і сьогодні. Прапор Кірібаті складається з червоної верхньої частини із золотим птахом-фрегатом, що летить над сонцем, яке сходить над синім морем з трьома білими хвилями. Птах-фрегат символізує свободу і незалежність, сонце - тропічне розташування країни, а синє море і білі хвилі відображають острівну природу держави і її зв'язок з океаном.