До того, як отримати назву Вануату, за часів колоніального правління територія називалася Нові Гебриди. Першими, хто відвідав ці острови, були іспанці, а саме Педро Фернандес у 1606 році. Однак їхнє перебування на острові було нетривалим і не мало значного впливу на подальшу історію. З 1887 по 1906 рік острови перебували під управлінням англо-французької колонії. Це був період спільного протекторату Великої Британії та Франції, який формально розпочався у 1887 році. Тоді ж була створена спільна військово-морська комісія для захисту громадян обох країн. У цей період на Нових Гебридах існували як британські, так і французькі школи, суди та інші структури. Прапор того періоду складався з двох вертикальних смуг білого і червоного кольорів та синього прямокутника в центрі, який, у свою чергу, містив п'ять п'ятикутних білих зірок, розташованих у формі трапеції.

Цей період заклав основу для формування кондомініуму в 1906 році, коли Великобританія і Франція офіційно встановили спільне управління Новими Гебридами, яке тривало до здобуття незалежності Вануату в 1980 році. Система кондомініуму передбачала, що обидві країни мали власні адміністративні, правові та освітні системи, і це було відображено в символіці та прапорах. Таким чином, на всіх урядових будівлях одночасно вивішувалися два прапори: французький триколор і британський Юніон Джек.
Під час Другої світової війни, з 1940 по 1944 рік, Франція була поділена на дві частини: окуповану Німеччиною північ і Францію Віші на півдні, яка була формально незалежною, але фактично колабораціоністським режимом, що співпрацював з нацистською Німеччиною. Символіка французького прапора залишалася практично незмінною протягом цього періоду, а саме три вертикальні смуги синього, білого і червоного кольорів:
- Синій асоціюється з революційним ідеалом свободи та республіканською традицією;
- Білий колір символізує монархію і королівську владу;
- Червоний колір уособлює революцію, братерство і кров, пролиту за свободу.

Хоча символіка прапора залишалася незмінною, використання прапора в різних частинах Франції мало різні політичні значення. У вішистській Франції Триколор використовувався поряд із символікою режиму Віші, який прагнув підкреслити традиційні цінності, співпрацюючи при цьому з нацистськими окупантами.
У цей період з'явився прапор опору під проводом генерала Шарля де Голля, який виглядав як звичайний триколор, але з додатковим символом - Лотаринзьким хрестом. Цей хрест став емблемою Вільної Франції і символізував боротьбу проти нацистської окупації та колабораціоністського режиму Віші. Лотаринзький хрест був обраний з кількох причин: він походив з регіону Лотарингія, який символізував боротьбу за повернення втрачених територій, анексованих Німеччиною; він слугував контрастом до нацистської свастики, символізуючи християнські цінності та протистояння язичницькій і тоталітарній ідеології нацизму; хрест легко ідентифікувався французьким населенням і союзниками, об'єднуючи сили в боротьбі проти окупації та колабораціонізму. Після звільнення Франції у 1944 році Триколор знову став єдиним офіційним прапором країни, символізуючи відновлення республіканських цінностей та національної єдності.

Британський прапор, натомість, майже не змінювався протягом усього періоду існування кондомініуму, і навіть якщо розмістити дві варіації поруч, важко одразу помітити відмінності, і здається, що вони абсолютно однакові. Однак прапор 1906-1953 років і прапор 1953-1980 років відрізняються гербом, а саме дизайном корони.

Крім того, з 1969 по 1980 рік Велика Британія і Франція мали спільний герб з наступними символами:
- Перехрещений французький прапор зліва і британський Юніон Джек справа символізують спільне управління Новими Гебридами;
- Літери "E II R" представляють королеву Єлизавету II. Абревіатура "E II R" розшифровується як "Elizabeth II Regina", тобто "Єлизавета II Королева". Це стандартне позначення для британських монархів;
- Літери "RF" означають "République Française", що в перекладі з французької означає "Французька Республіка". Фасція - це зв'язаний пучок дерев'яних прутів, часто з сокирою. Вони символізують владу, закон і управління. У Стародавньому Римі в'язку фасцій носили ліктори під час процесій із суддею, а іноді березові прути використовували як покарання, щоб змусити підданих виконувати судові накази.