У доісторичному Парагваї аборигени використовували різні елементи, такі як пір'я, оленячі роги та інші елементи для ідентифікації свого племені. Під час політичної емансипації у 1811 році був піднятий синій прапор з білою шестикутною зіркою, який відрізнявся від іспанського прапора і символізував незалежність країни. Цей прапор використовувався протягом усього періоду емансипації і став попередником першого національного герба Парагваю.
Під час генерального конгресу в Парагваї, який відбувся в 1811 році, був піднятий прапор, що складався з трьох горизонтальних смуг: синьої та червоно-жовтих кольорів іспанського прапора. Він використовувався з 1811 по 1812 рік.

Перший прапор Республіки Парагвай був червоно-біло-синім без королівського герба. Він був піднятий 15 серпня 1812 року і використовувався приблизно до 1826 року, коли його замінили на новий прапор.

У 1826 році доктор Гаспар Родрігес де Франсія спеціальним указом запровадив синій прапор з білою шестикутною зіркою. Однак до 1840 року цей прапор використовувався разом з іншим триколором, оскільки багато гарнізонів не мали відповідного прапора. Згодом, у 1842 році, був виданий указ про єдиний триколор, який не дозволяв піднімати інші прапори. З того часу триколор не змінювався і досі використовується в такому вигляді. Єдині зміни стосувалися пропорцій прапора та герба, який розміщувався на центральній білій смузі.