Прапор Афганістану зазнав багато змін за весь час. У 19 столітті в якості прапора Афганістану використовувався прапор із суцільним чорним кольором. На початку 20 століття на прапор додали національний герб.

Чорний прапор, який був взятий з прапора Абу Мусліма під час повстання народу Хорасані, використовувався як фоновий колір прапора Афганістану до 1928 року. З 1928 року, одночасно з початком існування королівства Афганістан, триколірний прапор Афганістану, чорний, червоний і зелений, з національним гербом на ньому, був затверджений королем Аманулла-ханом. На гербі зображено золоте сонце, що сходить крізь засніжені гори, знаменуючи собою початок афганського королівства. Символ жовтого сонця на червоному фоні нині можна побачити на діючому прапорі Північної Македонії. Цей триколірний прапор Афганістану використовувався всього два роки у період з 1928 по 1929 рік..
Потім, також, протягом двох років з 1978 по 1980 рік, коли до влади прийшла Демократична Республіка Афганістан, використовувався червоний прапор Афганістану з жовтим символом у верхньому лівому куті прапора. На прапорі було написано слово "Хальк", що було символом Народно-демократичної партії Афганістану на в перекладі означало “Народ”.
У 1996 році, коли до влади в Афганістані прийшов уряд талібів, країні було присвоєно назву Ісламський Емірат Афганістан, а прапор Афганістану був змінений на білий колір, до якого пізніше додали напис La ilaha ila Allah Muhammad Rasulullah, що відсилає до головного постулата ісламської віри: “Немає Бога, крім Аллаха”.
Чорно-червоно-зелений прапор Афганістану був затверджений у 2004 році. На міжнародному рівні цей прапор використовується досі, демонструючи визнання як Ісламської Республіки, незважаючи на правління Талібану з 2021 року і використання на території Афганістану прапору Талібану, яких у період з 1996 по 2001 рік мав статус державного прапора.