До передачі Макао Китайській Народній Республіці у 1999 році, Макао офіційно використовував лише португальський прапор, на відміну від Гонконгу, який за часів британського правління використовував синій прапор разом з Юніон Джеком та своїм гербом. У 1967 році були пропозиції надати кожній заморській провінції власний прапор, що складався б з португальського прапора з місцевим гербом, але жодна з них так і не була прийнята.

Після періоду 1911-1999 років, коли прапором Макао був нинішній португальський, використовувався світло-блакитний прапор з офіційним гербом португальської колонії Макао. За часів португальської адміністрації цей прапор також представляв територію Макао на міжнародних форумах, хоча й не був офіційним прапором португальської колонії.
Сучасний зелений прапор з білою квіткою лотоса на п'ятьма зірками офіційно використовується з 20 грудня 1999 року.