Східний Тимор не мав власного державного прапора, поки не був включений до складу Португальської імперії. Вперше прапор, схожий на сучасний, був використаний у 1702 році. Пропозиція прийняти модифіковану версію португальського прапора як символ Східного Тимору була зроблена в 1965 році, але не була прийнята Португалією. Хоча країна проголосила незалежність у 1975 році, її прапор піднімався лише протягом короткого часу, оскільки індонезійські війська вторглися в країну.

З 1976 по 1999 рік, коли Східний Тимор був частиною Індонезії, використовувався червоно-білий прапор Індонезії. Під час установчого конгресу в 1998 році був запропонований новий прапор опору проти індонезійської окупації - CNRT (Національна рада опору Східного Тимору), після чого над країною замайорів прапор Організації Об'єднаних Націй. Цей прапор став тимчасовим символом країни, а в 2002 році було вирішено повернутися до прапора, який використовувався в 1975 році. 19 травня 2002 року прапор ООН замінили на прапор Східного Тимору.