У XIII столітті Єгипет перебував під владою Мамелюцького султанату — держави, створеної воїнами-рабами, які стали елітою. Мамелюки не мали єдиного офіційного прапора в сучасному розумінні, але використовували стяги, що відображали їхню міць і зв’язок з ісламом. Найпоширенішим був жовтий прапор із білим півмісяцем, іноді з арабськими написами чи геометричними візерунками. Жовтий колір символізував владу і багатство, а півмісяць — іслам і віру. Ці прапори майоріли над Каїром і полями битв, де мамелюки билися з хрестоносцями та монголами.
У 1517 році Османська імперія розгромила Мамелюцький султанат, і Єгипет став її провінцією. Прапори Османської імперії в Єгипті були переважно червоними з білим півмісяцем і зіркою (подібні до сучасного прапору Туреччини). Цей дизайн відображав османську традицію: червоний колір уособлював владу султана, а півмісяць із зіркою — іслам і єдність імперії. Для єгиптян цей прапор був знаком чужої влади, але водночас і захисту. Османські султани контролювали Мекку й Медіну, що додавало прапору релігійної ваги. Проте в серцях місцевих жила мрія про власний стяг, який би говорив про Єгипет, а не про далекий Стамбул.
У 1805 році Мухаммед Алі, албанський офіцер османської армії, захопив владу в Єгипті, перемігши мамелюків і османських конкурентів. Він заснував династію, яка правила країною до 1953 року, і запровадив новий прапор, що став першим кроком до єгипетської ідентичності. Прапор був червоним із одним білим півмісяцем і однією білою зіркою в центрі. Цей дизайн був дуже схожим на прапор Османської імперії, адже Єгипет залишався її провінцією. Червоний колір символізував силу й боротьбу, півмісяць — іслам і владу, а зірка — надію на величне майбутнє.
У 1867 році османський султан офіційно визнав титул хедива для Ісмаїла-паші, онука Мухаммеда Алі, що започаткувало Єгипетський хедиват — період розквіту автономії в складі імперії. Новий прапор зберіг червоний фон і один білий півмісяць, але замість однієї зірки отримав три білі п’ятикутні зірки, розташовані у формі трикутника. Ісмаїл-паша, якого називали «Ісмаїл Чудовий», перетворив Каїр на «Париж на Нілі», побудував Суецький канал (1869) і розширив вплив на Східну Африку. Прапор майорів над цими звершеннями, але після британської окупації 1882 року, спричиненої повстанням Урабі-паші, поруч із ним часто з’являвся Union Jack.

У 1914 році, коли Османська імперія вступила в Першу світову війну, Велика Британія проголосила Єгипет своїм протекторатом, скасувавши османський сюзеренітет. Хедиват було перетворено на Єгипетський султанат, а хедива Аббаса II замінив султан Хусейн Камель. Новий прапор зберіг червоний фон, але отримав три білі півмісяці та три білі п’ятикутні зірки. Три півмісяці символізували Єгипет, Судан і Нубію — території під контролем султана. Зірки уособлювали надію на незалежність і єдність трьох релігій: мусульман, християн і євреїв. Цей прапор був компромісом: британці дозволили зберегти місцевий колорит, але тримали Єгипет під контролем.
У 1922 році Велика Британія визнала незалежність Єгипту, і король Фуад I затвердив новий прапор: зелений із білим півмісяцем і трьома білими зірками. Зелений колір, наче береги Нілу, символізував родючість і іслам, а три зірки — Єгипет, Нубію й Судан або три релігійні громади: мусульман, християн і євреїв. Півмісяць залишався знаком віри та спадщини. Цей прапор майорів над країною, яка намагалася стати справді вільною, хоч британські війська залишалися в Суецькому каналі. Він був символом надії, але й нагадуванням, що шлях до повної незалежності ще попереду.

23 липня 1952 року рух «Вільні офіцери» на чолі з Гамалем Абделем Насером здійснив переворот, скинувши короля Фарука I. Революція покінчила з монархією, і 18 червня 1953 року Єгипет став республікою. Період ознаменувався боротьбою проти британського впливу, націоналізацією Суецького каналу в 1956 році та початком арабського націоналізму. Новий прапор, відомий як Арабський визвольний прапор, складався з трьох горизонтальних смуг — червоної, білої та чорної — із золотим орлом Саладіна в центрі білої смуги. Червоний колір уособлював кров, пролиту в боротьбі з британцями, білий — чистоту сердець і мирний характер революції, чорний — темні часи колоніального гніту. Орел Саладіна, що тримав щит із назвою країни, символізував силу, гордість і спадщину Саладіна, який протистояв іноземним загарбникам.
1 лютого 1958 року Єгипет і Сирія об’єдналися в Об’єднану Арабську Республіку (ОАР), проголосивши політичний союз, що мав стати першим кроком до ширшої арабської єдності. Цей період, очолюваний президентом Гамалем Абделем Насером, був позначений панарабськими ідеями, націоналізацією Суецького каналу та спробами протистояти західному впливу. Союз розпався 28 вересня 1961 року після військового перевороту в Сирії, але Єгипет зберіг назву ОАР і її символи до 1 січня 1972 року. У 1963 році також велися переговори про можливе приєднання Іраку, але вони не увінчалися успіхом. Прапор ОАР, офіційно затверджений 8 квітня 1958 року законом №12, складався з трьох горизонтальних смуг: червоної зверху, білої посередині та чорної знизу. У центрі білої смуги розміщувалися дві зелені п’ятикутні зірки. До речі, прапор ОАР ідентичний сучасному прапору Сирії. Ці кольори походили від Арабського визвольного прапора, запровадженого після революції 1952 року. Дві зелені зірки позначали Єгипет і Сирію, підкреслюючи їхню єдність у боротьбі за спільну мету.

1 січня 1972 року Єгипет, Сирія та Лівія створили Федерацію Арабських Республік (ФАР), прагнучи поглибити арабську співпрацю після невдачі ОАР. Ця федерація, ініційована лідером Лівії Муаммаром Каддафі та підтримана Єгиптом і Сирією, була спробою об’єднати зусилля трьох країн, але залишилася радше символічною, ніж практичною. У 1973 році Єгипет і Лівія намагалися створити тісніший союз у межах федерації, але плани провалилися. У 1976 році Єгипет і Сирія також планували поглибити співпрацю, а в 1977 році Судан висловив інтерес до приєднання, але ці ініціативи не реалізувалися. Федерація офіційно розпалася 19 листопада 1977 року, коли Лівія вийшла після конфліктів із Єгиптом, але Єгипет продовжував використовувати прапор до 1984 року. Прапор ФАР зберіг червоно-біло-чорний триколор, але замість зірок у центрі білої смуги з’явився золотий яструб Кураїша, також відомий як орел Саладіна. Єгипет додавав під яструбом напис «Арабська Республіка Єгипет» арабською, що відрізняло його версію від сирійської та лівійської. Прапор використовувався до 4 жовтня 1984 року, коли Єгипет затвердив сучасну версію.