До 1820-х років, коли почалася османсько-єгипетська колонізація, територія сучасного Судану складалася з різних королівств, султанатів і племен, таких як Куш, Мерое, Нобатія, Макурія, Алодія, Султанат Фундж і Султанат Дарфур. Прапори в сучасному розумінні (стандартизовані державні символи) не існували через відсутність єдиної держави. Натомість використовувалися стяги, релігійні емблеми та кольорові полотнища, що позначали владу, релігію чи військову належність. Офіційна інформація обмежена через брак археологічних і письмових джерел.
На початку 1820-х років Мухаммад Алі, османський намісник Єгипту, відправив війська на південь, щоб підкорити розрізнені племена Судану. До 1824 року вони захопили Кордофан, Сеннар і долину Нілу, створивши Турко-Єгипетський Судан. Над цими землями замайорів червоний прапор Османської імперії — суцільно червоне полотнище з білим півмісяцем і п’ятикутною зіркою, що світилися в центрі. Цей стяг, відомий як османський військовий прапор, символізував владу султана в Стамбулі, але для суданців він був знаком чужинців, які принесли податки й примусову працю. У 1867 році Єгипет отримав часткову автономію, і Мухаммад Алі запровадив власний прапор — також червоний, але з трьома білими півмісяцями, кожен із п’ятикутною зіркою, що позначали Єгипет, Нубію та Судан. Цей прапор майорів над Хартумом і Донголою, але його значення залишалося далеким від місцевих традицій, відображаючи лише амбіції Каїра.
Та в 1881 році спалахнула іскра опору. Мухаммад Ахмад, проголосивши себе Махді, очолив революцію проти турко-єгипетського гніту. Його послідовники, махдісти, вигнали єгипетські гарнізони, створивши теократичну державу. Махдістські прапори не мали єдиного дизайну, але найвідомішим був чорний стяг, подарований халіфу Абдаллахі ібн Мухаммаду для набору воїнів із племен баггара. Цей прапор, суцільно чорний, уособлював релігійну чистоту й боротьбу за віру, нагадуючи суданцям про їхню силу. Інші стяги були білими з арабськими написами — часто іменами Бога чи Махді, обрамленими червоними чи синіми смугами. Ці прапори, що гойдалися над полями битв у Кордофані чи Омдурмані, стали першими місцевими символами, що кинули виклик іноземцям. До 1885 року, коли махдісти здобули Хартум, чорні й білі стяги замінили червоні османські, але ця свобода була недовгою.
У 1898 році британсько-єгипетські війська під командуванням Горація Кітченера розгромили махдістів у битві при Омдурмані. 19 січня 1899 року офіційно проголосили Англо-Єгипетський кондомініум, спільне правління Британії та Єгипту. Судан утратив власний прапор, а над ним замайоріли два чужі стяги. Британський Union Jack — синє полотнище з червоними й білими хрестами Англії, Шотландії та Ірландії — символізував імперську владу Лондона. Єгипетський прапор змінювався: до 1914 року це було червоне полотнище з одним білим півмісяцем і зіркою; з 1914 до 1923 року — червоне з трьома півмісяцями та зірками; а після 1923 року — зелене з білим півмісяцем і трьома зірками, що позначали Єгипет, Нубію та Судан. У 1900 році губернатор Судану отримав власний стяг — Union Jack, у центрі якого красувався білий диск із золотим написом «GOVERNOR GENERAL OF THE SUDAN», обрамлений зеленим лавровим вінком.
У 1924 році Біла Прапорна Ліга, рух на чолі з Алі Абдель Латіфом, кинула виклик колонізаторам. На вулицях Хартума й Омдурмана здійнявся білий прапор із червоними літерами «SUDAN». Простий, але сильний, він став першим справжнім символом суданської єдності. Британці жорстко придушили протести, але цей стяг назавжди закарбувався в пам’яті людей, надихаючи на боротьбу. У 1953 році, коли Судан уже був на порозі незалежності, той самий білий прапор із «SUDAN» гордо представив країну на Афро-Азійській конференції в Бандунзі, що проходила 18–24 квітня 1955 року.
1 січня 1956 року Судан нарешті став вільним. У Хартумі замінили британський Union Jack і єгипетський зелений прапор на перший національний стяг. Три широкі смуги — синя, жовта, зелена — простяглися на полотні зі співвідношенням 1:2. Цей прапор, створений поетом Макі Суфі, був продуманим до дрібниць, щоб об’єднати строкатий народ Судану. Синій колір нагадував про Ніл — річку, що немов жива артерія з’єднує північ із півднем. Жовтий відображав пустелю Сахару, що розкинулась на півночі, і стійкість людей, які живуть у її суворому обіймі. Зелений колір говорив про родючі землі, де ростуть бавовна й сорго, і ніс із собою надію на достаток. Прапор свідомо зробили нейтральним, без релігійних чи племінних символів, щоб ніхто — ні мусульманська північ, ні християнський південь, ні численні племена — не почувався чужим. Його вперше підняли над парламентом у Хартумі 31 грудня 1955 року за рішенням Палати представників, яку очолював Мубарак Зарруґ. Цей стяг майорів як знак єдності до 1970 року. Але мир був хитким: громадянська війна між північчю та півднем, що спалахнула в 1955 році, кидала тінь на прапор. Для багатьох на півдні він усе одно асоціювався з арабським впливом.
25 травня 1969 року військовий переворот під керівництвом Гаафара Німейрі змінив долю Судану. Країна стала Демократичною Республікою Судан, і новий уряд прагнув відобразити свою ідеологію — арабський націоналізм і соціалізм — у державних символах. Було оголошено конкурс на новий прапор, і 20 травня 1970 року країна отримала стяг, який майорить і нині. Цей прапор, створений художником Абдель Рахманом Ахмедом аль-Джалі, складався з трьох горизонтальних смуг — червоної, білої та чорної — з зеленим трикутником, що виходить із лівого краю біля флагштока. Співвідношення ширини до довжини залишилося 1:2, але дизайн був натхненний Арабським визвольним прапором Єгипту 1952 року. Його панафриканські кольори підкреслювали арабську ідентичність, що не завжди резонувало з неарабськими групами, особливо на півдні. Під час Другої громадянської війни (1983–2005) південні повстанці, зокрема Рух визволення народу Судану, використовували власні стяги, відкидаючи національний прапор як символ північного панування. Після підписання Комплексної мирної угоди 2005 року Південний Судан отримав автономію, а в 2011 році — незалежність, обравши власний прапор із чорною, червоною, зеленою смугами, білими вставками, синім трикутником і золотою зіркою. Тим часом прапор Судану залишився незмінним, майорячи над Хартумом навіть у часи потрясінь — протестів 2018–2019 років, що скинули Омара аль-Башира, і громадянської війни, що почалася в 2023 році. Цікаво, що під час протестів 2018–2019 років деякі демонстранти піднімали старий синьо-жовто-зелений прапор 1956 року, бачачи в ньому символ нейтральності та єдності, втраченої в сучасному дизайні.
