Прапор Османської імперії, червоне поле з білим серпом і зіркою (нинішній прапор Туреччини), залишався прапором Сирії з 1844 року і до відходу останніх військ Османської імперії з Дамаска 30 вересня 1918 року.
Прапор Фейсалі є прапором Великого арабського повстання (1916-1918). Він був прийнятий як офіційний прапор Сирії королівською родиною Хашимітів. Він став офіційним 30 вересня 1918 року і залишався таким же до 8 березня 1920 року, коли Фейсал I став королем Сирії та було офіційно проголошено незалежність країни від Османської імперії.
Другий прапор Фейсала залишався офіційним з 8 березня 1920 року, доки правління короля Фейсала не було повалено 24 липня 1920 року та замінено режимом французького мандату. Пізніше його було прийнято як офіційний прапор Йорданії зі зміною колірної гами.
Прапор Королівства Сирійської Арабської Республіки припинив своє існування, коли авангард військ Гуро увійшов до країни 24 липня 1920 року після перемоги останнього в битві при Майсалуні. Прапор було скасовано та оголошено новий прапор, який був блакитного кольору і містив білий півмісяць посередині, а у верхньому куті мініатюрний французький прапор. Після того, як французи увійшли в країну, вони видали ряд указів, які згодом стали відомі як укази про розділ. Ці укази були видані командувачем французьких армій на Сході Анрі Гуро в період між серпнем 1920 і березнем 1921 наказав розділити країну під приводом відсутності гармонії між народами.

Найдовше проіснував сирійський прапор прийнятий 1 січня 1932 року до об'єднання Сирії з Єгиптом у 1958 році. Коли відбулося роз'єднання, цей прапор офіційно повернувся на короткий період до приходу партії Баас до влади 8 березня 1963 року, офіційний вік прапора становив 27 років. Цей прапор отримав назву «Прапор незалежності», тому що він свідчив про звільнення Сирії від французького мандату 17 квітня 1946 року. Прапор мав наступний вигляд: його довжина вдвічі перевищує ширину, і він поділений на три рівні паралельні смуги зеленого, білого і чорного кольорів, причому біла частина містить три червоних зірки з п'ятьма променями.

Прапор незалежності був замінений у квітні 1958 року на додаток до законів, які передбачали дизайн сирійського прапора в той час, щоб створити більшу арабську ідентичність. Новий прапор узяв червоний, білий і чорний кольори з кольорів арабської єдності , а колір зірок на прапорі було замінено з червоного на зелений на честь сирійсько-єгипетської єдності , оскільки дві зірки символізують як Сирію, так і Єгипет.
У 1963 році баасистські уряди Сирії та Іраку намагалися створити союз між Сирією, Єгиптом та Іраком, але ці спроби провалилися. Проте, і Сирія, і Ірак прийняли новий прапор, що символізував єдність. Цей прапор ідентичний до прапора Об'єднаної Арабської Республіки, за винятком зміни кількості зірок з двох на три. Три зірки символізують єдність Єгипту, Сирії та Іраку, а також цілі Арабської соціалістичної партії Баас: єдність, свободу і соціалізм. В 1972 році Сирія приєдналася до Союзу Арабських Республік разом з Єгиптом і Лівією, і прийняла новий прапор, який замінює зірки на орла, який символізує плем'я пророка Мухаммеда, курайшитів. Союз був розпущений у 1977 році, і Сирія продовжувала використовувати союзний прапор до 1980 року, після чого він був скасований і замінений попереднім двозірковим прапором, який раніше використовувався з 1958 по 1961 рік, щоб продемонструвати прихильність до арабської єдності.
У листопаді–грудні 2024 року Сирійська Арабська Республіка пережила драматичне політичне перетворення, яке безпосередньо призвело до заміни державного прапора. 27 листопада 2024 року коаліція опозиційних сил на чолі з "Хайят Тахрір аш-Шам" (HTS) розпочала блискавичний наступ проти режиму Башара аль-Асада, який тривав лише 11 днів і завершився захопленням ключових міст, включно з Дамаском 8 грудня. Того ж дня сирійська армія визнала повалення президента, а Асад з родиною втік до Москви, де отримав політичний притулок від Росії. Ця подія поклала край 53-річному правлінню родини Асадів і майже шістьом десятиліттям баасистського домінування, що супроводжувалося громадянською війною з 2011 року. Негайно після цього опозиційний прапор — зелено-біло-чорний триколор з трьома червоними зірками — був піднятий над державними установами в Сирії та посольствами за кордоном (зокрема, в Москві, Афінах і Мадриді), де тисячі сирійців святкували кінець диктатури, спалюючи або топчучи попередній баасистський варіант. Цей прапор став de facto національним символом уже в грудні 2024 року, а офіційно його затвердили в березні 2025-го.

Повернення до "прапорів незалежності" (дизайн 1932–1958 років) мало глибокий символічний і політичний сенс: він уособлював розрив з асадівським режимом, чиї атрибути асоціювалися з репресіями, союзом з Єгиптом та панарабським баасизмом. Опозиція обрала цей варіант ще в 2011 році як емблему революції, щоб підкреслити прагнення до свободи, демократії та єдності нації, протистоячи пропаганді режиму, яка звинувачувала його в колоніалізмі. Три червоні зірки на білій смузі репрезентують історичну єдність трьох ключових регіонів Сирії — Алеппо, Дамаск і Дейр-ез-Зор — або три антиколоніальні повстання проти французького мандату (Ібрагім Ханану на півночі, Султан аль-Атраш у Друзьких горах та Саліх аль-Алі в Алавітському регіоні). Кольори ж відсилають до ісламської історії: зелений — до Рашидунського халіфату (надія та родючість), білий — до Омейядів (мир і чистота), чорний — до Аббасидів (боротьба проти гноблення). Таким чином, нова символіка підкреслює повернення до коренів сирійської незалежності від Франції в 1946 році, обіцяючи "новий початок" після десятиліть авторитаризму.