Хоча прапор Швейцарії, здається, ідеально відповідає характеристикам країни з чотирма державними мовами, він є результатом чистого збігу обставин. Всесвітньо відомий національний прапор має багату на події історію за останні сім десятиліть. Швейцарський прапор був офіційно оголошений національним гербом Швейцарії в 1848 році, але він має важливе значення з 1339 року, коли білий хрест на червоному тлі символізував об'єднання Вальдштеттен (Урі, Швіц, Унтервальден і Люцерн) і кантону Берн в битві при Лаупені.
Лише у 1450-1520 роках швейцарський хрест і швейцарський прапор стали державною емблемою Старої Швейцарської Конфедерації. Це було задумано як пряма відмінність від бургундського Андріївського хреста, який використовували німецькі найманці.
Після закінчення Конфедеративних воєн у 1515 році швейцарські наймані війська, що воювали за кордоном, також носили швейцарський хрест як розпізнавальний знак. Однак прапори, які вони використовували, відрізнялися кольорами і візерунками, що використовувалися в чотирьох кутах. Ці прапори часто також містили місцеві символи, що вказували на безпосередню приналежність найманців.
"Швейцарський хрест" вперше був використаний на війні, щоб допомогти бійцям розпізнавати один одного на полі бою. Пізніше, у 1800 та 1815 роках, Ніклаус Франц фон Бахманн запровадив білий хрест на червоному тлі як польовий символ для своїх військ. З 1815 року федеральна печатка (яка вперше була додана до Федеративного договору) складалася з вертикального, вільно плаваючого, рівнобедреного білого хреста, оточеного кантональними гербами Федерального парламенту на червоному тлі.
З ініціативи Гійома-Анрі Дюфура у 1840 році вперше було створено загальношвейцарський військовий прапор. Сорок дев'ять років по тому, у 1889 році, Федеральна рада визначила, що чотири однаково довгі плечі хреста повинні бути на одну шосту довшими за ширину. Під час Гельветичної республіки (1798-1803) Наполеон Бонапарт наказав Швейцарії використовувати триколор із зеленим, червоним і жовтим кольорами, від якого відмовилися одразу після його падіння.
Закон встановлює точні пропорції білого хреста і квадратної форми прапора. Тим не менш, існують різні форми прапорів, наприклад, прапор швейцарського торгового флоту. Він був створений у 1941 році, а з 1953 року визначений як прямокутний. Спортсмени на Олімпійських іграх також проходять під прямокутним прапором, а швейцарські військово-повітряні сили літають під кокардою з білим хрестом на червоному тлі.