Ніуе було анексовано Великою Британією 21 квітня 1900 року. Це сталося після того, як король Ніуе звернувся до Британії з проханням про захист та анексію. Острів намагався встановити зовнішні дипломатичні відносини, оскільки відчував загрозу з боку інших колоніальних держав. У цей час використовувався британський прапор, оскільки острів став частиною Британської імперії.

Після цього, 11 червня 1901 року, острів став частиною колонії Нова Зеландія. Британія передала опіку Новій Зеландії, оскільки остання вже мала під своєю опікою Острови Кука, і Ніуе був анексований як частина цих територій. Деякі джерела вказують, що цей етап відбувся в 1903 році, але це може бути пов'язано з офіційним завершенням формальностей і процесів передачі Ніуе під опіку Нової Зеландії. Однак більшість джерел вказують на те, що саме в червні 1901 року Ніуе було передано від Великої Британії до Нової Зеландії. Відтоді новозеландський прапор використовується на офіційних урочистостях та в адміністративних установах.

Ніуе отримала статус самоврядування 19 жовтня 1974 року в результаті конституційного процесу, організованого за підтримки Нової Зеландії. Перед наданням самоврядування було проведено референдум, на якому більшість населення Ніуе підтримала цей крок, хоча у них був вибір залишитися у складі Нової Зеландії. Згідно з угодою, Ніуе отримав повну автономію у внутрішніх справах, право мати власну конституцію, уряд і законодавство, але зберіг особливі відносини з Новою Зеландією. Острів став вільно асоційованою державою з Новою Зеландією, яка відповідає за оборону Ніуе та міжнародні відносини, надаючи при цьому економічну та технічну допомогу.
Сучасний прапор Ніуе був офіційно прийнятий 15 жовтня 1975 року, приблизно через рік після того, як Ніуе отримав статус самоврядування у вільній асоціації з Новою Зеландією. Прапор був розроблений Патрицією Рекс, дружиною першого прем'єр-міністра Ніуе, сера Роберта Рекса. Дизайн прапора включає в себе Юніон Джек, що символізує історичні зв'язки Ніуе зі Сполученим Королівством. Чотири маленькі зірки навколо Юніон Джека представляють тісні відносини Ніуе з Новою Зеландією, а велика зірка в центрі символізує самоврядний статус Ніуе в Тихому океані.